Das Archiv des ehemaligen Fürstbistums Basel (AAEB = Archives de l'ancien Evêché de Bâle) mit Sitz in Pruntrut umfasst folgende Bestände: Archive der Bischöfe von Basel bis zum Ende des Ancien Régimes; Archive der regionalen religiösen Institutionen, die während der Revolution säkularisiert wurden; Archive der Raurachischen Republik und des Departement Mont-Terrible; Archive der Unterpräfekturen Delsberg und Pruntrut des Departements Haut-Rhin von 1793-1815. Dazu kommen einige Privatarchive, wie z.B. der Bestand Xavier Kohler.
Die Stiftung Archiv des ehemaligen Fürstbistums Basel wurde nach der Gründung des Kantons Jura ins Leben gerufen. Damals stellte sich die Frage nach der Aufteilung der Kulturgüter und insbesondere der Archive. Nach langen Verhandlungen konnte der Archivstreit mit der Vereinbarung vom 19. April 1984 schlussendlich beigelegt werden: Die Kantone Bern und Jura verzichteten auf ihre Ansprüche zugunsten einer Stiftung, die im Folgejahr gegründet wurde.
Die Stiftung wird von vier Kantonen finanziert (der Kanton Basel-Landschaft trat 1997, der Kanton Basel-Stadt am 1. Januar 2008 bei) und von einem neunköpfigen Rat geleitet; darunter die vier Mitglieder ex officio: die Staatsarchivare/-innen der Kantone Bern, Basel-Landschaft, Basel-Stadt und der/die Leiter/in des Kulturamtes des Kantons Jura. Der Stiftungsrat hat die zweifache Aufgabe der Konservierung der Archivbestände und der Vermittlung. Ein Schwerpunkt liegt auf der historischen Forschung, deren Resultate sowohl in Wissenschaftskreisen (z.B. am internationalen Kolloquium «Die Schenkung von 999», Pruntrut, 1999 - mit der gleichnamigen Publikation von 2002) verbreitet wie auch weiteren Kreisen zugänglich gemacht werden (z.B. mit der Broschüre «Geschichte der Diözese Basel in der frühen Neuzeit» und in der Ausstellung «Pro Deo» von 2006 über das religiöse Leben im Mittelalter und während der Reformation in Zusammenarbeit mit vier Museen in Basel, Biel, Delsberg und Pruntrut).
Die Forschenden, welche das AAEB aufsuchen, kommen mit vielen verschiedenen Anliegen: Genealogen/-innen teilen sich das Archiv mit Universitätsprofessoren/-innen, Studierenden, Journalisten/-innen, Hobbyhistorikern/-innen, Ausstellungsmachern/-innen und vielen anderen mehr.

Konservatoren/-innen des AAEB:
1984-1993 Chantal Fournier
1993- Jean-Claude Rebetez