Das Archiv der Republik und des Kantons Jura (Archives de la République et Canton du Jura, ARCJ) besteht seit 1979, aber erst durch die Konvention vom 19. April 1984 bezüglich der Teilung der Kulturgüter (zwischen dem Kanton Bern und dem Kanton Jura) werden die archivalischen Zwistigkeiten auf einer soliden Grundlage beigelegt. In der Folge dieser Konvention erlässt der Kanton Jura am 11. Oktober 1984 ein Gesetz über die öffentlichen Archive, das 1985 zur Gründung der Stiftung Archiv des ehemaligen Fürstbistums Basel (Fondation des Archives de l’ancien Evêché de Bâle, AAEB) führt. Noch im gleichen Jahr wird eine Übereinkunft zwischen den Kantonen Bern und Jura unterschrieben. Am Ende dieser verschiedenen juristischen Akte wird das Archiv der Republik und des Kantons Jura der Leitung des Archivars François Noirjean unterstellt. Verwaltungsmässig gehört es zum Amt für Kultur (Office de la culture, ehemals Office du patrimoine historique / Amt für das historische Erbe). Es hat seinen Sitz im « Hôtel des Halles » in Pruntrut und verwaltet einerseits die vom Stand Bern der Republik Jura übergebenen Archive aus der unter bernischer Herrschaft verbrachten Zeit, und andererseits Privatarchive, die ihm von Privatpersonen anvertraut werden. Darunter ist insbesondere der aufgrund seines grossen Umfangs und seiner Reichhaltigkeit bemerkenswerte Bestand Auguste Viatte (seit 1994) zu nennen, sowie die Dokumente über Virgile Rossel, den Dichter Henri Devain, den Journalisten Paul Noir oder über Politiker wie Alfred Ribeaud und Roland Béguelin. Ausserdem haben Vereine wie die « Société jurassienne d’Emulation » (SJE) oder das Jurassische Institut der Wissenschaften, Literatur und Künste (Institut jurassien des sciences, des lettres et des arts, IJSLA) ihre Archivbestände in das Archiv der Republik und des Kantons Jura eingebracht.