Die Geschichte des «Musée jurassien des sciences naturelles (MJSN)» (= Naturwissenschaftliches Museum des Jura) ist eng mit jener der jurassischen Kantonsschule (heute: «Lycée cantonal») verbunden. Heute ist die Verwaltung des MJSN vom Gymnasium getrennt, das Museum betreut jedoch weiterhin dessen Sammlungen.
Das Museum umfasst mehr als 85'000 Objekte, in erster Linie Gesteinsproben, Mineralien, Fossilien, Vögel, Käfer, Säugetiere, Herbarien, etc. Ein Teil der auf vier Säle verteilten Sammlung wird unter dem Leitthema «Vom Big Bang bis zum Menschen» präsentiert.
Rund um die Gebäude des Museums erstreckt sich der botanische Garten mit der Baumschule und den Gewächshäusern.
Im Zuge der von der Französischen Revolution ausgelösten Öffnung gegenüber den Wissenschaften und dem modernen Leben wurde in Pruntrut am 17. Mai 1795 ein Erlass zur Gründung eines botanischen Gartens und eines naturhistorischen Kabinetts verabschiedet. Es sollte allerdings bis ins Jahr 1799 dauern, bis der botanische Garten tatsächlich angepflanzt wurde und auf Initiative des per Zivilverfassung eingesetzten Pfarrers, Antoine Lémane, die ersten Sammlungen in Pruntrut eintrafen.
1803 wurden Garten und Museum zusammen mit der Hauptschule geschlossen. 1833 wurden unter der Leitung von Jules Thurmann erneut ein mineralogisches Kabinett und ein botanischer Garten eröffnet.
Dank Frédéric-Louis Koby, der die Entwicklung ab 1875 als Direktor des Gartens und der Sammlungen und von 1890-1918 als Schulrektor vorantrieb und prägte, erfuhr die Institution eine Vergrösserung, Reorganisation und Öffnung für das Publikum.
Die auf ihn folgenden Direktoren hiessen Henri Jenny (1922-1932), Edmond Guéniat (1932-1948) und Robert Sandrin (1948-1966).
1966 wurde François Guenat Sammlungsleiter. Er sah sich mit der Situation konfrontiert, dass die Weiterführung der Sammlungen infrage stand, weil für den Unterricht zu wenig Platz vorhanden war. Guenat stellte den Erhalt der Sammlungen sicher, indem er die Villa Beucler, die 1973 vom Kanton Bern angekauft wurde, als Ort für den Biologieunterricht und das Naturwissenschaftliche Museum bestimmte. 1977 begannen die Umbauarbeiten und 1982 konnten die ersten Schulstunden stattfinden. Seither konnte die Sammlung des Museums durch wichtige Stiftungen erweitert werden, insbesondere 1980 durch die Sammlung Frédéric-Edouard Koby.
Am 5. Juli 1983 erliess die Regierung die Gründungsverordnung des «Musée jurassien des sciences naturelles». Die neue Institution mit Sitz in Pruntrut umfasste zwei Abteilungen: Wissenschaftliche Sammlungen (das eigentliche Museum) und botanischer Garten (Museum der lebenden Pflanzen). Das Museum blieb jedoch verwaltungstechnisch wie in der Vergangenheit an die Schule gebunden, wurde jedoch in den wissenschaftlichen Fragen der Konservierung und Sammlungspräsentation von der Denkmalpflege (heute Amt für Kultur des Kantons Jura) betreut. Die offizielle Eröffnung des MJSN fand im April 1989 statt, bereits seit 1985 waren jedoch schon einige Säle für das Publikum zugänglich.
1999 trat Joseph Chalverat die Nachfolge von François Guenat an, der wiederum von Jacques Ayer (2009-2012) und danach Damien Becker (a. i.) abgelöst wurde.
Seit 2006 findet kein Biologieunterricht mehr in den Räumlichkeiten statt und dem Museum steht das ganze Gebäude zur Verfügung.