Die ersten archäologischen Forschungen auf jurassischem Gebiet gehen zurück auf das 19. Jh. – wenn man von der Erwähnung des Jesuitenpater Dunod um 1716 absieht, der im Mont Terri ein Lager des Julius Caesar erkannt haben wollte. In der zweiten Hälfte des 19. Jh. entstand die moderne Archäologie beruhend auf wissenschaftlichen Grundlagen.
Weitreichende Studien zu den römischen Spuren im Jura verdanken wir Auguste Quiquerez, der zusammen mit Baron Gustav von Bonstetten und Johann Uhlmann auch eine erste archäologische Landkarte der Region entwarf (Carte archéologique du Canton de Berne : époque romaine et anté-romaine, Bâle-Genève-Lyon, 1876). Quiquerez führte zudem Untersuchungen zur Metallherstellung im Tal von Delsberg und in der Region Moutier durch.
Nach einigen Jahren mit nur geringer archäologischer Aktivität im Jura, erhielt die Forschung in den 1920er Jahren neuen Schwung, der bis zu Beginn der 1970er Jahre anhielt. Dabei handelte es sich um Einzelgrabungen unter der Leitung von Persönlichkeiten, die auf privater Basis vorgingen.
Alban Gerster interessierte sich in erster Linie für die römische Baukunst und grub insbesondere mehrere villae rusticae aus. Er verschmähte aber auch nicht einige Abstecher in prähistorische und mittelalterliche Epochen - oft in Begleitung von André Rais, dem damaligen Archivar und Konservator am Musée jurassien in Delsberg.
Albert Perronne und Frédéric-Edouard Koby erforschten zahlreiche jurassische Höhlen. Ihre Studien erstreckten sich sowohl auf die Paläontologie wie auch auf die Spuren menschlichen Lebens in diesen steinigen Unterkünften.
Carl Lüdin führte während mehr als 50 Jahren umfassende Ausgrabungen am Roc de Courroux durch und sammelte zahlreiche Erkenntnisse über dessen prähistorische Besiedlung.
1969 wurde der Archäologische Dienst des Kantons Bern als Teil des Amts für Kultur geschaffen und 1970 trat Hans Grütter sein Amt als erster Kantonsarchäologe an. Sein Team überwachte alle Baustellen im ganzen Kanton und führte so auch viele Grabungen im Jura durch - bis zur Gründung des Kantons Jura im Jahr 1979. Auch heute noch ist der Archäologische Dienst verantwortlich für die archäologische Forschung im Berner Jura und verfügt über einen Ableger in Loveresse.
Der Archäologische Dienst des Kantons Jura wurde 1985 ins Leben gerufen und führte zahlreiche Grabungen im Zusammenhang mit dem Bau der A16 (Transjurane) durch. Im Jahr 2000 wurde er durch die Sektion Paläontologie erweitert und ist nun als « Section d’archéologie et paléontologie » Teil des Amts für Kultur des Kantons Jura.
Der Jura beherbergt zahlreiche archäologische Stätten, die Aufschluss über die Gesichte der Besiedlung und der Migration in dieser Region versprechen. Ohne die archäologische Landkarte an dieser Stelle vollständig wiedergeben zu wollen, können doch einige Eckpunkte der verschiedenen Strukturen und Einrichtungen auf jurassischem Boden zwischen dem Paläolithikum und dem Mittelalter aufgezeigt werden  - sowie einige spätere Beispiele.
Die räumliche Ausdehnung der Fundorte widerspiegelt weniger eine historische Realität sondern zeugt vielmehr von der Lage der Baustellen moderner Zeit, die es ermöglichten, dass die Funde zutage gefördert werden konnten. In diesem Zusammenhang muss vor allem der beträchtliche Fortschritt erwähnt werden, welchen die regionale Archäologie durch die Bauarbeiten an der A16 (Transjurane) erfuhr, wo zahlreiche Grabungen durchgeführt wurden.
Einige dieser Grabungsbefunde werden noch ausgewertet, doch der aktuelle Stand ergibt bereits eine Vorstellung davon, wie sich die menschlichen Einflüsse in der Region Jura entwickelt haben könnten. Zu diesem Zweck muss der Jura als Region betrachtet werden und nicht als politische Einheit, die letztlich Resultat einer Problematik modernen Zuschnitts ist.
In der folgenden Epochen-Übersicht finden Sie Links zu den HLS-Artikeln über die Geschichte des Kantons Jura. Ergänzend wurden Informationen zum Berner Jura angefügt wo dies erforderlich erschien:

- Paläolithikum
- Mesolithikum und Neolithikum
- Bronzezeit, Eisenzeit
- Römisches Zeitalter
- Mittelalter
- Spätmittelalter und Neuzeit
- Cercle d'archéologie de la SJE

Liste der Kantonsarchäologen/-innen

Kanton Bern
1970-1998 Hans Grütter
1998-2010 Cynthia Dunning

Seit 2010 Daniel Gutscher

Kanton Jura
1985-2008 François Schifferdecker

2008-2009 Robert Fellner ad interim

Seit 2009 Robert Fellner