Le 20 février 2012, et suite au rapport final de l'Assemblée interjurassienne (AIJ) remis en mai 2009, le Gouvernement de la République et Canton du Jura (par sa présidente Elisabeth Baume-Schneider) et le Conseil-exécutif du canton de Berne (par son président Bernhard Pulver) ont signé une déclaration d'intention « portant sur l'organisation de votations populaires dans la République et Canton du Jura et le Jura bernois concernant l'avenir institutionnel de la région ».
Cette déclaration d'intention a été signée dans le cadre d'une Conférence tripartite présidée par la conseillère fédérale Simonetta Sommaruga (Département fédéral de justice et police) qui a qualifié cet accord d'« historique ».
Conclu à l'issue de négociations bilatérales, cet accord prévoit l'organisation de deux votations populaires simultanées dans le canton du Jura et le Jura bernois. Ce scrutin pourrait se dérouler au plus tôt fin 2013. Il prévoit également que, dans un second temps, les communes puissent faire valoir leur droit quant à leur appartenance cantonale. Ainsi une commune pourrait décider seule de rejoindre le Jura si la majorité du Jura bernois choisissait de rester au sein du canton de Berne. Il pourrait ainsi y avoir des enclaves jurassiennes sur sol bernois.

Deux procédures différentes mais coordonnées
Dans le canton du Jura, le Gouvernement soumet à l'approbation du Parlement une modification de la Constitution cantonale (ajout d'un article 139 qui a la teneur suivante: « Le Gouvernement est habilité à engager un processus tendant à la création d'un nouveau canton couvrant les territoires du Jura bernois et de la République et Canton du Jura, dans le respect du droit fédéral et des cantons concernés. »). Si cette modification est acceptée par le Parlement, elle est alors soumise à votation populaire (référendum obligatoire).

Dans le canton de Berne, le Conseil-exécutif soumet au Grand Conseil une modification de la loi sur le statut particulier du Jura bernois autorisant l'organisation d'une votation populaire régionale de type consultatif portant sur l'avenir institutionnel de la région. Si le Grand Conseil l'accepte et que cette modification n'est pas rejetée par le peuple bernois lors d'un référendum facultatif, le Conseil-exécutif organise alors ladite votation dans le Jura bernois.

Ces deux procédures doivent être appliquées par les gouvernements de manière coordonnée.

Deux cas de figures en fonction des résultats des votations
Dans le cas où ces deux votations seraient acceptées, les deux gouvernements élaboreraient alors un concordat intercantonal décrivant la procédure à suivre et prévoyant l'élection d'une Assemblée constituante mais soumis au référendum obligatoire. Si les deux populations acceptent ce concordat, une Assemble constituante est élue pour rédiger la Constitution du nouveau canton, soumise à l'approbation de la population puis de l'Assemblée fédérale.
Dans un délai de deux ans après les première votations, les communes du Jura bernois peuvent demander l'organisation de votations communales dans le but de rester dans le canton de Berne.

A l'inverse dans le cas où l'une des deux votations seraient refusées, le projet de créer un nouveau canton réunissant l'actuel canton du Jura et le Jura bernois est alors abandonné. Par contre, il serait toujours possible, dans un délai de deux ans, que les communes du Jura bernois demandent l'organisation de votations communales dans le but de rejoindre la République et Canton du Jura.

Arrivé au terme de ces processus, le conflit jurassien au sens de l'Accord du 25 mars 1994 devra être considéré comme réglé et l'Assemblée interjurassienne sera alors dissoute.