En 1995, le Cercle d'études historiques (CEH) de la Société jurassienne d'émulation lance la collection des « Cahiers d’études historiques » afin de permettre la publication de mémoires de licence universitaires ou d’autres travaux historiques, principalement de jeunes chercheurs, ayant trait au Jura historique, toutes périodes confondues. La collection a toujours cours.

Les premières publications se font à compte d’auteur par le CEH :
- n° 1, 1995 : Nicolas Barré et Thierry Christ, Répertoire des travaux académiques relatifs au Jura (ancien Evêché de Bâle), 1960-1992, [Porrentruy] : Cercle d'Etudes historiques de la Société jurassienne d'émulation, 1995
- n°2, 1996 et 2006 : Christine Gagnebin-Diacon, La fabrique et le village : la Tavannes Watch Co (1890-1918), préf. de François Jequier, [Porrentruy] : Cercle d'Etudes historiques de la Société jurassienne d'émulation, 1996 (2006, 2^e éd. mise à jour)
- n° 3, 1998 : Aline Paupe, "Quelques délits de la chair" : perception et répression des délits contre les moeurs dans les seigneuries des Franches-Montagnes et de Saint-Ursanne au XVIII^e siècle, préf. de Michel Porret, [Porrentruy] : Cercle d'études historiques de la Société jurassienne d'émulation, 1998
- n° 4, 2000 : Pierre-Yves Donzé, L'hôpital bourgeois de Porrentruy (1760-1870) : gestion du patrimoine, médicalisation des soins et assistance aux pauvres, avant-propos de Micheline Louis-Courvoisier ; préf. d'Olivier Faure, Porrentruy : Cercle d'études historiques de la Société jurassienne d'émulation, 2000.

Dès 2007, la série est éditée auprès des Editions Alphil (coll. Cahiers d’études historiques) :
- n°5, 2007 : Sophie Lachat, Les chemins de fer privés des Franches-Montagnes. Naissance, exploitation et défis d’un réseau (1892-1943), Neuchâtel : Editions Alphil, 2007
- n° 6, 2007 : Emma Chatelain, « Nous sommes des hommes libres sur une terre libre ». Le mouvement antiséparatiste jurassien (1947-1975). Son idéologie et ses relations avec Berne, Neuchâtel : Editions Alphil, 2007
- n° 7, 2010 : Lionel Jeannerat, Un curé révolutionnaire dans l’ancien évêché de Bâle. La vie de Louis François Zéphirin Copin (1723-1804), Neuchâtel : Editions Alphil, 2010
- n° 8, 2010 : Alix Heiniger, Exil antifasciste et politique fédérale du refuge. Le camp de Bassecourt (1944-1945), Neuchâtel : Editions Alphil - Presses universitaires suisses, 2010.

A noter encore que les Cahiers d'études historiques ont intégrés deux ouvrages hors série :
- François Wisard, Un major biennois dans l'Ordre noir, Saint-Imier : W. von Känel, 1999 (Cahiers d'études historiques No. hors série)
- Claude Hauser, Les réfugiés aux frontières jurassiennes (1940-1945) : accueil et refoulement – internement, préf. de Jean-Claude Favez, [coédition: Groupe historique du régiment d'infanterie 9, Cercle d'études historiques de la Société jurassienne d'émulation] Saint-Imier : W. von Känel, 1999.