Si le projet de la création d'un parti écologique dans le canton du Jura remonte au moins au milieu des années 1980, il faudra attendre 1991 pour qu'un tel parti voit le jour. Cette année-là, le Mouvement écologique jurassien (MEJ) est en effet fondé par une dizaine de militants provenant surtout d'Ajoie et de la ville de Delémont. A l'origine, ce groupemement ne se revendique ni de droite ni de gauche et veut se consacrer en exclusivité à la défense de l'environnement. Le MEJ fonctionne sans président, sous l'égide d'un comité directeur restreint où la parité homme/femme est de rigueur. Parmi les membres du comité, le nom d'Erica Henequin revient souvent, parfois désignée à tort comme la présidente du parti. Au fil des années, le MEJ va progressivement aborder des autres thématiques politiques, telles que la défense d'une meilleure couverture sociale ou l'égalité des sexes, et se positionner clairement à gauche. Il s’affilie aux Verts suisses en 1993.
Le MEJ participe à sa première élection en 1994 lors des cantonales où il présente une liste en Ajoie seulement. Aucun de ses candidats ne sera toutefois élus. Le fait que le parti propose des candidats néophytes en politique et relativement peu connu de la population explique peut-être cette déconvenue. De plus, le centre-gauche et la gauche comprend déjà à l'époque quatre formations (PS, PCSI, CS et POP), et la défense de environnement figure en bonne position dans leurs programmes , et consiste même en une des priorité de Combat socialiste. En 1998, le MEJ tente une deuxième fois d'entrer au Parlement. Malgré une alliance avec CS, les portes du législatifs restent fermées aux écologistes. Dans le même temps, le MEJ obtient ses premiers succès électoraux, en entrant dans des exécutifs et des législatifs communaux, à Porrentruy, Bressaucourt et Courfaivre.
En 2001, le parti change de nom et opte pour Les Verts jurassiens, afin de gagner en cohérence avec le parti suisse, mais aussi pour éviter toute confusion entre parti politique et association de protection de la nature. La modification du nom n'implique toutefois pas de changement dans la ligne politique ni dans l'organisation interne de la formation. Malgré son nouveau patronyme, le parti vit des heures difficiles dans les premières années du XXIe siècle. Le comité décide de ne pas participer aux élections cantonnales de 2002, et il est même question à plusieurs reprises de dissoudre le parti.
Lors des élections cantonnales de 2006, les Verts parviennent enfin à faire élire deux de leurs représentants. Les militants écologiques auront donc dû attendre 15 ans avant d'arriver à jouer un rôle à l'echelon cantonal. Les Verts forment dès lors un groupe parlementaire avec le POP et CS, poursuivant une alliance déjà rodée au Conseil de ville de Delémont. En 2010, le parti réussi à doubler sa députation au Parlement, avec des élus provenant des trois districts. Contrairement à la précédente législature, cette poussée ne s'effectue pas cette fois au dépend du PS.
La Feuille verte est le nom du bulletin d'information publié tous les deux mois par le parti. Les idées des Verts jurassiens sont également relayées dans le Bulletin vert, organe des Verts au niveau fédéral.