Le Mouvement séparatiste jurassien (MSJ) est mis sur pied le 30 novembre 1947, soit deux mois après l' « affaire Möckli » qui lance la Question jurassienne. Après l'échec de l'autonomisme prôné par le Comité de Moutier, le Mouvement séparatiste intensifie son action. Il adopte dès septembre 1951 la dénomination de Rassemblement jurassien (RJ) afin de ne pas alarmer la Suisse alémanique et de placer sa lutte au-dessus des enjeux de politique partisane et des divergences confessionnelles. Au cours des années 1950, le RJ mène une propagande ferme mais peu agressive, exprimant le fort sentiment régionaliste de ses militants, qui souhaitent la création d'un nouveau canton dans l'esprit du fédéralisme suisse. Il mobilise des experts historiens et juristes pour prouver la viabilité de ce projet, et lance en 1957 une initiative législative cantonale demandant l'organisation d'un plébiscite dans les sept districts jurassiens. Son rejet en 1959, par les Jurassiens comme par les citoyens bernois, marque un coup d'arrêt pour le RJ. Il rebondit pourtant, sous l'impulsion principale de Roland Béguelin, dont les pouvoirs accrus de secrétaire général sont parfois contestés. Sa stratégie redéfinit l'appartenance au peuple jurassien selon des critères ethno-linguistiques, et vise à créer un état de nécessité politique en internationalisant le conflit. Le RJ s'efforce aussi de quadriller le corps social jurassien en multipliant les structures de militance : les jeunes groupés dans « Le Bélier » (1963), les universitaires (1964), les femmes (1963) et les Jurassiens de l'extérieur (1962). Cette mobilisation multiple donne une couleur plus contestataire au séparatisme, porté par une génération montante dont les valeurs sont pacifistes, antimilitaristes et sociales. Ayant réussi à pousser la Confédération à proposer une médiation, le RJ s'engage pragmatiquement mais à reculons dans la voie plébiscitaire d'autodétermination définie par l'additif constitutionnel voté en mars 1970. Si la victoire du « oui » à un nouveau canton le 23 juin 1974 est la sienne, le RJ est impuissant à empêcher l'éclatement du Jura qui s'ensuit. Dès lors, il poursuit une lutte pour la réunification, tant à l'intérieur du nouveau canton, qu'il tente d'orienter avec de moins en moins de succès vers une conception de « l'Etat de combat » qu'à l'extérieur, en lien avec les séparatistes du Jura resté bernois. Ceux-ci se groupent dès 1976 sous le drapeau d'Unité jurassienne, qui fusionne avec le RJ en un Mouvement autonomiste jurassien (MAJ) le 20 mars 1994, une année après le décès de Roland Béguelin. Dès lors, malgré le vieillissement de ses militants et la perte de son influence, le MAJ garde un rôle de groupe de pression politique.

Présidents : 1947-1954 Daniel Charpilloz 1954-1965 André Francillon 1965-1980 Germain Donzé 1980-1991 Bernard Mertenat Dès 1991 Christian Vaquin Secrétaires généraux: 1947-1950 Roger Schaffter 1950-1953 Pierre Billieux 1953-1993 Roland Béguelin Dès 1993 Pierre-André Comte Précisions quant à l'appellation du mouvement : 1947-1951 Mouvement séparatiste jurassien (MSJ) 1951-1994 Rassemblement jurassien (RJ) Dès 1994 Mouvement autonomiste jurassien (RJ-UJ)