Dans le domaine de la sorcellerie, la particularité de l'ancien territoire de l'Evêché de Bâle réside dans le fait que proportionnellement à son étendue, il détient le record du plus grand nombre de procès. Les premiers documents relevant de la justice criminelle pour fait de sorcellerie datent de 1549. Ils font état de femmes ayant déjà été condamnées à mort mais dont les jugements ont été détruits. Les enquêtes et procès dont nous disposons s'étalent sur un siècle environ, de 1571 à 1712. Pendant cette période, pas moins de 181 femmes seront accusées d'avoir pratiqué la sorcellerie, soit 95% du total. C'est la proportion de femmes la plus fortement marquée sur toute la chaîne jurassienne. L'étude sociologique de la sorcière jurassienne effectuée par E. William Monter nous montre qu'il s'agit le plus souvent de femmes mariées (61%) et de veuves (33%) alors que l'on ne trouve que 11 célibataires. L'âge moyen de la sorcière étant de 60 ans environ.

Avec Blarer de Wartensee, on verra le Prince veiller avec un soin tout particulier au bon fonctionnement de la justice dans ses Etats. Celle-ci était généralement sévère et ce d'autant plus en matière criminelle. Le Prince-Evêque portait à ses sujets un intérêt marqué en matière de foi et cela est perceptible dès 1581 lorsqu'il publia les décrets du Concile de Trente. Il entreprit dans ses Etats un vaste mouvement de contre-réforme visant à renforcer la conviction et la ferveur religieuse de ses fidèles. On ne manquera pas de relever que cette volonté de faire respecter l'ordre coïncide avec une augmentation des procès de sorcellerie comme les enquêtes effectuées dans le village de Cornol en 1590 le démontrent.

La position du Prince était très claire, il partageait les conceptions habituelles de l'époque des autres régions limitrophes. Il ne se démarquait pas par une plus grande tolérance et souhaitait imposer au mieux son autorité dans une région secouée par de nombreuses difficultés tant économiques que confessionnelles. Lors d'un cas de sorcellerie, il était créé un « Tribunal des maléfices » dont la cour, siégeant généralement dans le chef-lieu de la région où le crime avait été perpétré, était composée de juges étrangers par soucis d'impartialité. La peine capitale était généralement la plus courante et le coupable était alors envoyé au bûcher mais lorsque le condamné était repentant, il arrivait très souvent que la peine soit allégée, dans le sens où l'on étranglait préalablement la personne avant de la brûler.