Entre 1890 et 1895, l'abbé Citherlet, curé du Noirmont, acquiert la ferme des Côtes (domaine agricole appartenant à la commune du Noirmont) pour y accueillir des orphelins et des enfants démunis. Les Côtes deviennent alors l'orphelinat du Noirmont, des Breuleux et du Peuchapatte. L'abbé s'entoure de quatre religieuses de Baldegg pour l'aider dans sa tâche. En 1905, il fait construire un bâtiment pour loger les quatre religieuses ainsi qu'une chapelle dédiée à Saint-Joseph. En 1919, des religieux de la congrégation du Saint-Sacrement, emmenés par le Père Paul Bourquard, originaire du Noirmont, s'installe aux Côtes. L'établissement devient institut (école apostolique) sous leur houlette et les révérends pères en deviennent propriétaires en 1934. Il continue de former de jeunes Jurassiens. Ce pensionnat va accueillir des volées de 30 à 40 élèves (jusqu'à 55 élèves à son apogée). En 1970, l'Institut devient une école privée dont le corps enseignant va se laïciser. Le premier directeur en est le Père François Boillat à qui succède Pierre-Marie Bouillaud en 1985. Pour des raisons financières, il ferme ses portes le 25 juin 1999. Depuis lors, trois pères et un frère demeurent dans les bâtiments, jusqu'à leur départ le 5 novembre 2007 vers Marly (FR), dans la congrégation mère. Les Pères des Côtes éditent une revue mensuel intitulé d'abord Bulletin des Côtes (1934-1950) puis Vie Eucharistique (1950-1984) et finalement Eucharistie et vie (1985-1996). L'abbé Fernand Citherlet, supérieur de la Communauté en 1967-1970 et en 1975-1977, joue notamment un rôle important dans la publication de cette revue.