Le Centre professionnel de Porrentruy (baptisé ainsi en 1988) trouve son origine dans l'Ecole professionnelle de Porrentruy (EPP) née en 1901. Le CPP regroupe trois filières différentes :
- l'Ecole professionnelle de Porrentruy (EPP), 1901 ;
- l'Ecole d'horlogerie et de microtechnique ou Ecole des métiers (EHMP), 1944 ;
- l'Ecole Technique (ETP), 1994.
En 2007, le CPP devient la Division technique du Centre Jurassien d'Enseignement et de Formation (CEJEF) et les trois écoles qui le composent changent de nom : L'EPP devient l'Ecole professionnelle technique (EPT), l'EHMP, l'Ecole des métiers du technique (EMT) et l'ETP, l'Ecole supérieure technique (EST).
Deux tentatives de créer des centres de formation pour horlogers à Porrentruy ont lieu au 19e siècle. De 1842 à 1850, l'Atelier d'horlogerie de l'Hospice du château est mis sur pieds à l'initiative du préfet Joseph Choffat mais va se fermer avec son départ. De 1882 à 1935, une Ecole d'horlogerie mise sur pieds par un comité de personnalités locales (industrielles et politiques) dirigé par Jules Dubail tente de répondre à une demande économique : les chefs d'entreprises ont en effet besoin d'une main-d'oeuvre bien formée. Ouverte au château en 1884, cette école ne réussira pas à surmonter la crise économique des années 1930 et ferme ses portes en 1935.
L'Ecole professionnelle de Porrentruy est elle mise sur pieds en 1901 mais répond à une demande toute différente de celle de l'Ecole d'horlogerie. Elle est en effet issue d'un mouvement de réaction contre l'industrialisation, d'abord de la part des élites catholiques puis des petits indépendants, pour une revalorisation des métiers traditionnels.
La première étape consiste en l'organisation par le Patronage catholique et les élites conservatrices, emmenées par le préfet Ernest Daucourt, d'un Cours de dessin (1898-1901) dont la gestion est confiée à Joseph Bron puis à un comité de six membres dès 1901. Ce Cours va être réorganisé durant l'hiver 1901-1902 et devenir l'Ecole professionnelle de dessin puis Ecole professionnelle de Porrentruy (EPP). En 1905, la loi cantonale sur les apprentissages oblige les patrons à envoyer leurs apprentis suivre les cours des écoles professionnelles. Malgré la guerre et une réticence de la part des patrons à envoyer leurs apprentis à l'école (ils préfèrent en effet les voir travailler dans leurs usines), cette loi va permettre une augmentation du nombre d'élèves. Dès 1909, les apprenties couturières et lingères peuvent aussi fréquenter l'école. En 1918, la gestion de l'EPP est confiée à la municipalité (les trois derniers membres de la commission d'origine, Bron, Daucourt et Lapaire démissionne) et une commission municipale de surveillance de douze membres est nommée en 1919.
Dans les années 1935-1975, la forte croissance de l'économie suisse va permettre un important développement (industriel et démographique) dans le district de Porrentruy, notamment grâce aux industries horlogères, mécaniques et textiles. L'EPP va bien sûr profiter de cette évolution. En 1937, elle intègre de nouveaux bâtiments, les locaux du Contrôle des métaux précieux (rénovés et agrandis en 1958) alors que la deuxième moitié des années 1930 est aussi marqué par l'intervention des industriels, notamment le patronat horloger de Porrentruy, qui, suite à la fermeture de l'école d'horlogerie en 1935, est à la recherche d'un nouveau moyen de former la main-d'oeuvre (nécessaire en grande quantité avec la reprise économique). Un des leurs, Alfred Lang, va notamment devenir membre de la commission de surveillance (dès 1945) puis président (1949-1970) et être ainsi l'homme fort de l'EPP durant ces années. Ce nouveau rôle des industriels de Porrentruy va aboutir en 1944 à la création d'un atelier d'horlogerie (qui devint plus tard l'Ecole d'horlogerie et de microtechnique, EHMP) dépendant de l'EPP mais avec une certaine autonomie gestionnaire (une sous-commission horlogère est créée) en raison de la participation financière des industriels.
Dès les années 1960, la microtechnique va se développer alors qu'est aussi mi sur pieds l'Ecole de perfectionnement professionnel, proposant une formation continue rattachée à l'Ecole professionnelle (1966).
En 1972, un nouveau bâtiment réunit les ateliers d'horlogerie et de micromécanique (qui forme la subdivision autonome EHMP, dirigée par la sous-commission horlogère), les apprentis de l'EPP, et les cours de perfectionnement.
Après la création de la République et canton du Jura en 1979, l'EPP va être cantonalisée alors que le développement de nouvelles technologies va amener l'école à ouvrir de nouvelles filières de formation. En 1994, l'ouverture de l'Ecole technique (ETP) permet la formation de cadres alors que la mise en place de la maturité professionnelle technique permet l'accès aux HES. Dès le 1er août 1999, Jean Theurillat dirige le CPP.

Directeurs de l'Ecole d'horlogerie
1884-1889 Léon Berlincourt
1889-1894 Frédéric Wirth
1894-1903 Abram-Louis Jeanneret
1903-1910 Henri Colomb
1910-1935 Frédéric Thiébaud

Directeurs du CPP :
1901-1917 comité de six membres (Ernest Daucourt, Joseph Choquard, Abram-Louis Jeanneret, Joseph Bron, Paul Bannwart et Paul Lapaire)
1917- 1936 Auguste Hoffmann
1936-1937 Albert Fridelance
1937-1965 Alex Voisard
1966-1999 Etienne Fueg
1999-2015 Jean Theurillat
2015- Jean Ammann (directeur a. i. jusqu'au 30.9.2015)