Manufacture de montres construite en 1867 à Saint-Imier, sur le site des Longines, par Ernest Francillon. Dès 1854, ce dernier était à la tête du comptoir d'établissage fondée par son oncle Auguste Agassiz en 1833. Elle est alors la première fabrique de montres mécanisée de la région, organisée par l'ingénieur Jacques David (machines conçues par le mécanicien Edouard Chatelain).
Ne comptant la première année que quelques ouvriers, elle en occupe 910 en 1906. On est alors en plein contexte de concentration des ouvriers, qui a pour corollaire la diminution du travail à domicile.
Durant les dix premières années, la fabrique connaît des difficultés financières, notamment en raison d’un important investissement dans le développement de la mécanisation qui met du temps à devenir rentable. En 1878 pourtant, la fabrique, pour la première fois, produit un bénéfice substantiel. Sa production se vend notamment dans toute l’Europe, en Afrique et en Amérique. Dès 1879, des travaux d’agrandissement sont entrepris afin de répondre à une demande croissante.
En été 1880, on décide de créer une société en nom collectif (avant société en commandite) mais en gardant la même raison sociale, « Ernest Francillon ». Celle-ci change en 1883 et devient « Ernest Francillon & Cie » pour s’adapter au Code fédéral des obligations.
L’entreprise devient une société en commandite par actions en 1895 ; Ernest Francillon, Jacques David et Ernest-Etienne Francillon (ce fils d’Ernest décède d’une chute de cheval en 1899) en sont les gérants « indéfiniment responsables ».
En 1900, suite au décès de Francillon père, la raison sociale devient « Fabrique des Longines, Francillon & Cie » alors que Jacques David, Baptiste Savoye et Louis Gagnebin se retrouvent aux commandes.
Dès la fin des années 1890, de grands explorateurs font confiance à Longines pour leurs expéditions. A la même époque se développent les chronographes à commande électrique permettant le chronométrage dans les concours sportifs. Ainsi, en 1912, Longines chronomètre la Fête fédérale de gymnastique puis des concours hippiques ainsi que des meetings ou des courses automobiles. Plus tard, dans les années 1930, elle s'occupe aussi des courses de la Fédération internationale de ski et de la Fédération internationale d’athlétisme. Elle assure en outre 14 fois le chronométrage des Jeux Olympiques depuis ceux d’Oslo en 1952. En 1972, elle participe à la création de Swiss Timing avec l’entreprise Omega et la Fédération horlogère (FH).

Le 27 avril 1915, l’entreprise devient une société anonyme avec la raison sociale, « Fabrique des Longines, Francillon & Co, SA ». Elle a à sa tête un conseil d’administration de 5 à 9 membres présidé par Baptiste Savoye, aussi nommé directeur général. Maurice Savoye, son fils, est nommé directeur commercial, et Alfred Pfister directeur technique (Jacques David est décédé en 1912 et Louis Gagnebin en 1914).
Pendant et après la Première Guerre mondiale, Longines élargit ses activités. La marque se lance, entre autres, dans la fabrication de boussoles. Elle participe également au développement de l’aviation dans les années 1920 en mettant à disposition des pilotes des montres et des instruments de bord adaptés à leurs besoins spécifiques. En 1925, un fonds de retraite, vieillesse et invalidité est créé. Suite au décès de Baptiste Savoye, en 1927, Alfred Pfister et Maurice Savoye reprennent ensemble la direction de l'entreprise.
A la fin des années 1920, la crise qui frappe toute l’industrie suisse (les exportations horlogères passent de 307 millions de francs en 1929 à 86 millions en 1932) n'épargne pas Longines, qui va chercher à diminuer les frais le plus possible (notamment diminution de la production, chômage, horaires réduits, etc.). Ce n’est qu’en 1936 qu’on enregistre à nouveau un léger bénéfice. L’année suivante, pour raccourcir sa dénomination anglaise (les exportations aux Etats-Unis étant très importantes), Longines va changer sa raison sociale en « Compagnie des Montres Longines, Francillon SA » ou « Longines Watch Co, Francillon Ltd. »
A partir de la Deuxième Guerre mondiale, la production et les exportations horlogères suisses augmentent. Longines répond à de nombreuse commandes pour les armées, concernant par exemple les montres de calibre 12 lignes pour l’armée française et 15 lignes pour l’armée tchèque. Plus de la moitié de sa production est néanmoins exportée aux Etats-Unis. La situation financière de l’entreprise est bonne, ce qui lui permet d’ouvrir un fond pour les allocations familiales en janvier 1942.
Après-guerre, la demande toujours très forte nécessite d’agrandir une nouvelle fois les bâtiments.

Soumise à une série de restructurations dès 1970 (création de Holding Longines SA en janvier 1970, puis intégration au groupe General Watch Co, GWC), l'entreprise fait partie du groupe ASUAG-SSIH dès1983 (SMH en 1985, aujourd’hui Swatch Group).
L’industrie horlogère suisse vit alors une difficile période de récession (de 1973 à 1984). Les concurrences japonaise et américaine sont en effet toujours plus fortes. Le chômage est très élevé dans l'industrie horlogère puisqu’elle perd 65 % des poste de travail entre 1970 et 1984. Longines parvient, quant à elle, à maintenir stable sa production et son personnel.
Elle ne va cependant pas pouvoir échapper aux restructurations internes du groupe SMH. Ainsi, Longines cesse la production de mouvements en 1984 et perd son statut de manufacture. En 1988, la SMH décide de délocaliser aussi l'assemblage et l'emboîtage ce qui équivaut à la suppression de 150 postes à Saint-Imier. Cette décision va soulever une importante mécontentement. Les ouvriers manifestent devant le parlement cantonal, puis la population et les autorités de la commune défilent dans les rues le 26 février. Longines se concentre alors sur des activités commerciales (vente, promotion de la marque, sponsoring). Cette mutation ne se fait pas sans un coût social et économique très important pour la région. Longines passe en effet de 770 employés en 1975 à 331 en 1988 et 243 en 1992.
Dès le début des années 1990, la situation de l’horlogerie dans la région s’améliore progressivement. Aujourd’hui, sur le site historique des Longines, outre la Compagnie des Montres Longines Francillon SA, on trouve les montres Pierre Balmain et la société ETA (un temps le Groupe d’Habillage Haute Horlogerie) ; les opérations d'assemblage ont repris. La Compagnie des Montres Longines Francillon SA a en outre gardé sa place de plus grande entreprise horlogère du district (320 employés en 2007, plus de 500 employés en 2013), malgré les restructurations, mais aussi grâce à son intégration au sein du Swatch Group.
Longines est à l'honneur en tant que plus ancienne marque encore en activité et non modifiée enregistrée dans les registres de l'Organisation mondiale de la propriété intellectuelle (1893). Le logotype du sablier ailé et le nom Longines, utilisés depuis 1867, sont officiellement déposés auprès de l'Institut fédéral de la propriété intellectuelle à Berne depuis 1889 et sont toujours en fonction.

Directeurs :
1867-1900 Ernest Francillon

dès 20.4.1900, trois co-gérants :
- 1900-1914 Louis Gagnebin
- 1900-1922 Baptiste Savoye
- 1900-1912 Jacques David (à sa mort, remplacé par Alfred Pfister, qui est nommé fondé de pouvoir)

avril 1915-1927, direction à trois :
- Baptiste Savoye, directeur général
- Maurice Savoye, directeur commercial
- Alfred Pfister, directeur technique

1927-1949, direction à deux :
- Alfred Pfister
- Maurice Savoye

Dès 1949, un directeur général :
1949-1965 Maurice Savoye
1965-1968 Eugène Jeanrenaud (directeur commercial depuis 1949)
1968-1973 Frédéric Ahles
1974-1988 Manfred Laumann
Dès 1988- Walter Von Kaenel

Membres du premier Conseil d'administration en 1915 :
Baptiste Savoye, président
Jean Aeschlimann, vice-président
Gustave Miche, notaire à Courtelary
Eugène Francillon, négociant à Lausanne (frère d’Ernest, père d’Adrien)
Maurice Savoye