Le Lycée cantonal et École de commerce de Porrentruy est inauguré le 1er janvier 1979. C’est néanmoins jusqu’au 16e siècle qu’il faut remonter pour retracer son histoire.

Le Collège des Jésuites (1591-1794)

Fondé le 9 mai 1591 par Jacques-Christophe Blarer de Wartensee, le Collège des Jésuites dispense ses premiers cours dès octobre 1591. Les cours sont alors réservés à la gent masculine. La construction des bâtiments est terminée en 1604 (collège et église, auxquels viennent ensuite s’ajouter un gymnase et un pensionnat). Le succès est très rapide puisque le nombre d’élèves passe de 60 en 1591 à plus de 400 en 1600, donnant ainsi une nouvelle impulsion à la capitale de l’Evêché. Après une période plus difficile (la Guerre de Trente ans va notamment obliger le Collège à fermer ses portes jusqu’en 1639), la réputation de son enseignement ne va cesser de croître jusqu’au milieu du 18e siècle. Les élèves viennent alors d’Alsace, de Franche-Comté, de Bourgogne et d’Allemagne du Sud. Après la suppression de l’ordre des Jésuites par le Pape en 1773, tous les biens du Collège reviennent à Simon-Nicolas de Montjoie qui, malgré d’importantes réformes (notamment l’introduction de l’enseignement gratuit), n’arrive pas à empêcher la baisse de prestige du Collège, qui va perdurer jusqu’à l’arrivée des Français à Porrentruy. Suite à l’annexion du département du Mont-Terrible à la France en 1793, le Collège va fermer ses portes pour devenir d’abord une caserne, puis un hôpital.

L'École centrale (1794-1803)

La loi du 7 avril 1794 décide de la création d’une École centrale. Il faut cependant attendre le 30 mai 1796 pour qu’elle ouvre ses portes dans les bâtiments de l’ancien Collège. L'institution, qui tient lieu de lycée et d'académie, est bien différente de l’ancien Collège (sauf pour sa réputation). On y enseigne, sur un cycle de sept ans, le latin, le français, l’allemand, l'histoire, la géographie, les mathématiques, la physique, la chimie, l'histoire naturelle, la logique, la législation, le dessin, la calligraphie et le chant. Les cours y sont dispensés en français, alors qu’ils le sont en allemand au Collège. En 1799, le premier jardin botanique y est créé par l'abbé Antoine Lémane. En 1803 cependant, l’École centrale est supprimée au profit d’une École secondaire (ouverte en septembre 1803), selon la réorganisation de l’enseignement par Napoléon.

L'École de la Restauration (1815-1858)

Suite à l’annexion de l’ancien Evêché de Bâle par le canton de Berne (1815), le collège devient un établissement d’instruction pour le clergé catholique. Deux chaires de théologie sont ajoutées en 1817, et le séminaire est réouvert en 1821. La nouvelle constitution bernoise, acceptée en 1831, va faire des écoles des institutions appartenant à l’Etat. Dès lors, une nouvelle administration du collège va tenter d’adapter l’enseignement aux exigences de l’industrialisation, et donc d’introduire des branches scientifiques. Le jardin botanique est réaménagé par Jules Thurmann, alors qu’un décret daté du 12 décembre 1836 fait du collège une institution laïque, et que le séminaire ferme ses portes l’année suivante.

L'École cantonale (1856-1978)

Après plusieurs années de lutte entre conservateurs et radicaux, la Berne fédérale met sur pied une nouvelle loi sur les écoles cantonales, qui restera en vigueur jusqu’en 1957. Elle accorde autant d’importance aux domaines littéraires que scientifiques, et confie au Département de l’instruction publique la nomination des enseignants (qui peuvent être désormais laïcs). Malgré une vive opposition des milieux conservateurs jurassiens (le conseil d’administration est notamment dissout et remplacé par une commission d’école), la nouvelle École cantonale se développe - en témoigne la convention qu’elle signe avec l’École polytechnique fédérale de Zurich permettant aux bacheliers de Porrentruy d’y entrer sans examen. Le Kulturkampf apporte à nouveau une période difficile pour l’École cantonale, qui reste encore le reflet des luttes politiques jurassiennes. L’institution se maintient néanmoins. En 1888, elle instaure la gratuité pour les classes inférieures, alors qu’en 1896 la première étudiante entre dans la section supérieure. En 1924, les premières maturités commerciales sont remises. Par la suite, et pour s’adapter aux exigences de la Confédération, l’École cantonale va remettre des maturités de type A, B et C (1928), puis E (économique, 1971).

Le Lycée cantonal (depuis 1979)

Dès le 1er janvier 1979, l’École cantonale devient le Lycée cantonal et École supérieure de commerce. En 1980, le progymnase en devient indépendant. Du point de vue administratif, c’est désormais le Gouvernement jurassien qui est l’organe de décision. Deux nouveaux types de maturité vont être créés : D (langues vivantes) en 1990, et F (sections beaux-arts, musique et théâtre) en 1997. Dès 2000, la nouvelle maturité est introduite. Depuis 2007, le Lycée est intégré à la division lycéenne du CEJEF (Centre Jurassien d'Enseignement et de Formation), alors que l’école de commerce est intégrée à la division commerciale avec l’École de commerce de Delémont, l’École professionnelle commerciale (Delémont et Porrentruy) et l'École supérieure d'informatique de Gestion (Delémont). Ces institutions regroupent toutes les filières de formation offertes dans le Jura pour l'obtention d'un CFC d'employé(e) de commerce, d'une maturité commerciale, d'une maturité professionnelle commerciale et d'un CFC de gestionnaire du commerce de détail ou d'assistant(e) en pharmacie.

Direction

1858-1860 Joseph L’Hoste

1861-1869 Joseph Durand

1869-1874 Jean-Baptiste Froidevaux

1874-1890 Édouard Meyer

1890-1918 Frédéric Koby

1919-1923 Arnold Juillard

1923-1934 Alexandre Favrot

1934-1953 Fritz Widmer

1953-1983 Alphonse Widmer

1983-1998 Bernard Bédat

1998-2002 Charles Félix

2002-2014 Pierre-Alain Cattin

2014-2024 Jean-Marc Scherrer

2024- Olivier Dubail