Le musée du Mont-Repais est créé en 1993 à l'initiative de Jacques Bourquard. Il s'installe dans une ancienne chapelle dédiée à Saint-Joseph en 1893, utilisée plus tard comme salle de classe. L'exposition permanente y raconte l'histoire de la région, depuis le premier millénaire jusqu'à nos jours. Parallèlement, le musée organise tous les trois à quatre ans diverses expositions ponctuelles, dont les plus importantes ont été consacrées aux Chemins de Saint-Jacques de Compostelle, aux Châteaux médiévaux du Jura, à l'Histoire du Fer dans le Jura et aux Fortifications françaises et suisses dans la Trouée de Belfort. Le 30 août 2008, une nouvelle exposition consacrée aux Voies historiques de l'Evêché de Bâle, mise sur pied en collaboration avec l'Association ViaJura/ViaRegio, patronnée par Pro Jura, est inaugurée. Les responsables du musée du Mont-Repais sont tous des bénévoles, réunis au sein du Groupe d'Histoire du Mont-Repais (G.H.M.R.). Les conservateurs successifs (i.e. les présidents) ont été Jacques Bourquard et Jean-René Quenet.