Le traité d'Aarberg, signé le 9 juillet 1711 entre Berne et l'Evêché de Bâle au sujet de la Prévôté de Moutier-Grandval, consacre la séparation confessionnelle de ce territoire entre une minorité de la Prévôté (le territoire dit « sous les Roches », soit Courrendlin, Châtillon, Rossemaison, Vellerat, Corban, Courchapoix, Mervelier et Elay), qui reste catholique, et la région « sur les Roches », qui devient exclusivement protestante.

L'opposition entre Berne et l'Evêché de Bâle dans la Prévôté n'est pas nouvelle. Berne exerce en effet une forte influence sur la Prévôté, passée à la Réforme en 1531 et dont elle est combourgeoise depuis 1486. Elle s'est toujours attachée à repousser les tentatives de recatholisation dans la région et à défendre les privilèges accordés au cours du XVème siècle, que les Prévôtois ont su garder face au Prince-évêque.
Le conflit qui aboutira au traité d'Aarberg débute en 1705. Lors de la traditionnelle prestation du serment de fidélité au nouveau souverain qui vient d'être élu, Jean-Conrad de Reinach, le bandelier Henri Wisard (1650-1723) rappelle avec provocation la combourgeoisie avec Berne, traite les Bernois de « bénins protecteurs » et réclame la reconnaissance de la combourgeoisie bernoise et des droits et coutumes en usage dans la Prévôté. L'évêque refuse, ce qui entraîne le refus des Prévôtois de prêter serment. Le bandelier est alors démis de ses fonctions et condamné à une lourde amende par le Prince-évêque.
La réaction de Berne, qui interprète ce jugement comme une atteinte à son traité de combourgeoisie, est immédiate. Elle envoie des émissaires dans la Prévôté et à Porrentruy afin d'enquêter, et, les 17 et 18 janvier 1706, les ambassadeurs bernois Lerber et Bucher tentent de discuter avec le Prince-évêque. L'entretien n'ayant pas abouti, Berne décide d'intervenir militairement et déploie quatre mille hommes prêts à envahir la Principauté. Le Prince-évêque accepte alors le renouvellement de la combourgeoisie, et, le 4 mars, Berne en profite pour réhabiliter « de force » Wisard dans ses fonctions. D'autres différends venus s'ajouter à ce point demeurent encore en suspens, notamment le paiement de l'accise. Berne propose une conférence à Nidau pour régler ces points, ce que le Prince-évêque ne peut refuser en raison de la menace militaire.
La conférence de Nidau se déroule du 22 au 30 mars et se conclut nettement en faveur de Berne. Parmi les points principaux, on peut mentionner que Wisard est officiellement rétabli, la combourgeoisie confirmée et les Prévôtois affranchis de l'accise. La question des catholiques établis « sur les Roches » est évoquée uniquement le dernier jour. Berne se contente alors de l'assurance de l'évêché qu'il ne tente pas de reconvertir la prévôté au catholicisme. Cependant, une fois le traité signé, Berne ne tarde pas à réclamer l'expulsion complète des catholiques vivant « sur les Roches ». Le Prince-évêque tarde à répondre et la question perd ainsi de son importance, Berne ayant entre-temps d'autres problèmes à résoudre, en l'occurrence à Neuchâtel.

La dispute va rebondir avec le pasteur David Faigaux de Bévilard qui, accusé de piétisme par certains membres de la communauté, se réfugie alors auprès du Prince-évêque, qui condamne les accusateurs à de fortes amendes. Berne réagit en réclamant notamment le droit de choisir les pasteurs et en demandant cette fois l'expulsion de tous les catholiques du territoire « sur les Roches ». Le Prince-évêque s'y oppose et tente de chercher un soutien auprès de l'Empire et de la Diète des cantons catholiques qui, occupés par les troubles dans le Toggenbourg, se montrent peu intéressés par ce qu'ils considèrent comme une affaire mineure. Une tentative de discussion à Berne d'avril à mai 1711 échoue le 9 mai 1711 lorsque Berne rompt les négociations, étant donné que la délégation épiscopale refuse de céder sur le point de l'expulsion. A nouveau, Berne se prépare à une attaque militaire. La Diète catholique soutenant le Prince-évêque et lui mettant une troupe à disposition, Berne accepte finalement la reprise des pourparlers, en imposant une nouvelle conférence agendée le 25 juin à Aarberg.
Les discussions sont serrées et aboutissent finalement le 9 juillet 1711. Pendant toutes les négociations, le Prince-évêque est menacé par les troupes bernoises mobilisées à la frontière. Le traité d'Aarberg oblige ainsi les familles catholiques à quitter la région « sur les Roches ». Par contre, et c'est le seul point sur lequel Berne doit céder, les quelques familles réformées vivant « sous les Roches » sont aussi obligées de déménager.
Dans les faits, quelques catholiques continueront à vivre « sur les Roches », mais sans que cela ne pose de problèmes. La question de la Prévôté est même rayée de l'ordre du jour du Petit Conseil bernois (4 mars 1712), et l'affaire est ainsi classée, éclipsée par la situation critique dans le Toggenbourg.