Die TransJurassische Konferenz (Conférence TransJurassienne) CTJ entstand am 12. Oktober 2001 als Nachfolgeorganisation der Arbeitsgemeinschaft Jura (Communauté de travail du Jura). Am 1. Juli 2002 wurde das neue, entsprechende Reglement unterzeichnet. In der Folge haben sich der CTJ neue Partner angegliedert: Der französische Staat nimmt seither offiziell Einsitz (vertreten durch die Departements-Präfekte). Zur CTJ gehören seither, neben dem Conseil régional de Franche-Comté (Regionalrat der Franche-Comté), auch die Region Franche-Comté und deren Departemente Doubs, Jura, Haute-Saône und Territoire de Belfort sowie deren Generalräte. Auf französischer Seite sind zudem die Bürgermeister- und Gemeindeverbände Mitglieder der CTJ. Auf Schweizer Seite blieben nach wie vor die vier Kantone Bern, Waadt, Neuenburg und Jura Mitglieder.
Die Eidgenossenschaft ist dieser Organisation ebenfalls angegliedert, jedoch nicht als Vollmitglied, sondern nur mit einem Beobachterstatus ausgestattet, denn die grenzüberschreitende interregionale Zusammenarbeit fällt in die Kompetenz der Kantone. Zweck der CTJ ist die grenzüberschreitende Absprache und Koordination und sie verfolgt das Ziel einer einheitlichen Entwicklungsförderung im französisch-schweizerischen Jurabogen. Neben seinen eigentlichen Aufgaben ist das schweizerische Sekretariat der CTJ zudem von der Eidgenossenschaft mit der Verwaltung der Mittel von Interreg III und IV im Jurabogen beauftragt.
Das Interreg-Programm ist ein EU-Projekt, das die Entwicklung innerer und äusserer Grenzregionen der Europäischen Union fördert und der grenzübergreifenden Zusammenarbeit Wege bahnt. Die Finanzierungsmittel können sowohl private wie öffentliche Träger von grenzübergreifenden Projekten in Anspruch nehmen. 2005 hat die CTJ das Observatoire Statistique Transfrontalier de l'Arc Jurassien OSTAJ eingerichtet, eine Institution, die vergleichbare statistische Beobachtungsstudien zwischen den französischen und schweizerischen Regionen ermöglicht und durchführt. An diesem Projekt sind die vier Mitgliederkantone der CTJ, die Universität Neuenburg und das französische INSEE beteiligt.
2006 beschloss der Rat der CTJ auf Antrag der Geschäftsstelle, die Aktivitäten der Organisation auf vier Hauptpunkte zu konzentrieren: Wirtschaftsentwicklung und Arbeitsplätze; Berufsbildung, insbesondere im Sozial- und Gesundheitsbereich; Verkehr und Erschliessung; Sicherheit.

Die CTJ umfasst folgende Organe:

- Die Geschäftsstelle (Bureau) ist verantwortlich für die Umsetzung der Kommissionsbeschlüsse, die Weiterverfolgung der Vorstösse des Rates und die Geschäftsführung. Sie übernimmt auch repräsentative Aufgaben. Die Geschäftsstelle setzt sich zusammen aus einem/einer Regierungsrat/-rätin als Vertreter/in der beteiligten Schweizer Kantone (Präsident/in der CTJ-Suisse, bzw. von archjurassien.ch), des/der Vertreters/-in der Region Franche-Comté (Präfekt/in) und des/der Präsidenten/-in des Regionalrates der Franche-Comté – alle drei sind sie Kopräsidenten/-innen der CTJ.

- Die Kommission (Commission) zählt 26 Mitglieder, 13 aus jedem Land. Sie ist das beschliessende Organ, definiert die Richtung und koordiniert die Vorgehensweise der CTJ, zudem befindet sie über die Vorstösse des Rates. Alle institutionellen Partner der CTJ sind in ihr vertreten: die Kantone Bern, Waadt, Neuenburg und Jura; Region und Departemente, Bürgermeister- und Gemeindeverbände der Franche-Comté.

- Der Rat (Conseil) zählt 90 Abgeordnete, 45 pro Land. Er ist das beratende Organ der CTJ und Ort der Verständigung untereinander, wo die Programme ausgearbeitet werden. Der Rat wird von der Kommission zu den Projekten angehört. In ihm sind die wichtigsten öffentlichen Institutionen, Wirtschafts- und Gesellschaftsgruppen des Jurabogens vertreten.

- Das Generalsekretariat (Secrétariat général) ist für die administrativen Aufgaben zuständig. Das Generalsekretariat der CTJ-Suisse (neu: arcjurassien.ch) befindet sich in La Chaux-de-Fonds.

Von der CTJ herausgegebene Publikationen:

- Bruno Fallet et Martin Schuler, Atlas jurassien : appui à la coopération transfrontalière, Saint-Martin-d'Hères : Cemagref ; Lausanne : Ecole polytechnique fédérale de Lausanne, 1996, 166 p.

- Jean-Claude Daumas et Laurent Tissot (dir.), L'Arc jurassien : histoire d'un espace transfrontalier, Vesoul : Ed. Maé-Erti ; Yens-sur-Morges : Cabédita, 2004, 293 p.

„Jurassische“ Präsidenten der Schweizer Delegation in der CTJ (und Kopräsidenten der CTJ):

Mario Annoni, Staatsrat, 2002-2006

Jean-François Roth, Minister, 2006

Michel Probst, Minister, 2007;

Generalsekretärin der CTJ-Suisse : Mireille Gasser

Berner Vertretung in der CTJ (Seit 2002):

Im Juni 2002 hat der Regierungsrat des Kantons Bern die Vereinbarung zur Gründung der CTJ und die Statuten der CTJ-Suisse genehmigt. Gleichzeitig ernannte er die Vertreter/innen des Kantons im Rat und in der Kommission der CTJ. Seit 2006 werden die Vertreter/innen in den Organen der CTJ zwar immer noch vom bernischen Regierungsrat bestimmt, doch werden diese vorher vom Conseil du Jura bernois (CJB) vorgeschlagen, und zwar nach Beratung durch den Conseil des affaires francophones du district bilingue de Bienne (CAF).

In der Kommission der CTJ: Mario Annoni, Regierungsrat, 2002-2006 Barbara Egger-Jenzer, Regierungsrätin, 2002-2006, Hubert Frainier (Belprahon), Abgeordneter, später Mitglied des CJB, 2002-, Christophe Gagnebin (Tramelan), Abgeordneter und Mitglied des CJB, 2002-

Im Rat der CTJ: Jean-Pierre Aellen (Tavannes), 2006- , Raymonde Bourquin (La Neuveville), 2002-, Daniel Chaignat (Tramelan), 2006-, Francis Daetwyler (St-Imier), 2002-, Jürg Gerber (Bienne), 2002-2006, Jean-Pierre Graber (La Neuveville), 2002- , Patrick Gsteiger (Perrefitte), 2006- , Pierrette Berger Hirschi (Bienne), 2006- , Jean-René Moeschler (Malleray), 2009- , Pierre-Yves Moeschler (Bienne), 2006-2008, Willy Pauli (Nidau), 2002-2006, André Rothenbühler (Pontenet), 2002- , Roger Siegrist (Corgémont), 2002-2006, Hans Stöckli (Bienne), 2002- , Christian Vaquin (Moutier), 2002-2006, Claude-Alain Voiblet (Reconvilier), 2002-2006.

Jurassische Vertretung in der CTJ (2003-2006):

In der Kommission der CTJ: Elisabeth Baume-Schneider, Ministerin, 2009- , Michel Probst, Minister, 2007-2008, Jean-François Roth, Minister, Präsident der CTJ-Suisse, 2006, Agnès Veya, Abgeordnete und Kommissionspräsidentin (Commission de la coopération), 2009-

Im Rat der CTJ: Marcel Bailly, Stadtverwaltung Pruntrut, 2009- , Henri Erard, Association régionale Jura, …-2008- , Didier Cuenin, Gemeindeverwaltung Pruntrut, …-2008 , Pierre-Alain Gentil, Gemeindeverwaltung Delsberg, …-2008, Vincent Gigandet, Union jurassienne des arts et métiers, Abgeordneter, …-2008- , René Girardin, Gemeindeverwaltung Saignelégier, …-2008- , Pierre Kohler, Stadtverwaltung Delsberg, 2009- , Pierre Lovis, Parlamentskommission (commission de coopération), Hugues Plomb, Boncourt, …-2008, Damien Rérat, Association pour le développement du district de Porrentruy, …-2008, Jean-François Rossel, Gewerkschaftsunion des Jura, Gewerkschaftssekretär der Unia, …-2008, Marco Vermeille, Parlamentskommission (commission de coopération), ...-2008-