Entité de coopération transfrontalière, la communauté de travail du Jura (CTJ) est fondée à Delémont, le 3 mai 1985, par la signature d'une convention internationale entre la Confédération helvétique et la République française. Les signataires et membres de la CTJ sont alors le Conseil régional de Franche-Comté et les quatre cantons de Berne, de Vaud, de Neuchâtel et du Jura. L'Etat français et la Confédération suisse disposent en son sein d'un statut d'observateur. Deux hommes ont été les moteurs de la CTJ, Edgar Faure, ancien président du Conseil régional de Franche-Comté, et François Lachat, ministre de la Coopération, des Finances et de la Police de la République et Canton du Jura. La CTJ a pour but de favoriser la coopération entre ses différentes parties, notamment dans les domaines de l'économie, du tourisme, de l'aménagement du territoire et de la protection de l'environnement, de l'éducation et de la formation, de la culture, du social, de l'agriculture, de la main-d'oeuvre transfrontalière, des problèmes hospitaliers, de la recherche, des transports, etc. Cette instance a aussi pour fonction de développer les échanges et d'améliorer la communication entre les différentes institutions politiques et administratives de part et d'autre de la frontière. Le 25 novembre 1993, une nouvelle charte est signée, dans le but de renforcer les moyens d'action. Depuis le 12 octobre 2001, la Communauté de travail du Jura est devenue la Conférence TransJurassienne (CTJ) ; une nouvelle convention est signée le 1er juillet 2002.