Si la fondation du couvent des hospitalières de Porrentruy date de 1765, des documents datant du XIVe siècle attestent déjà de la présence d'une léproserie puis d'un hôpital à Porrentruy. Le 1er novembre 1406, ce dernier est officiellement reconnu par un acte de fondation. Des bâtiments sont construits, aussitôt dotés d'une chapelle dédiée à la Vierge et à Saint-Eloi en 1415. Dès 1748, on parle d'apporter des changements dans le règlement de l'hôpital ainsi que des rénovations au bâtiment qui menace de s'écrouler. Il faut néanmoins attendre 1759 pour qu'un nouveau projet de règlement soit agréé par le prince-évêque Guillaume Rinck de Baldenstein. En 1760, Antoine-Clériadus de Choiseul-Beaupré, archevêque de Besançon et à ce titre maître de Porrentruy sur le plan spirituel, décide de s'associer aux démarches entreprises par le prince-évêque. En juillet 1760, l'Ordonnance pour le rétablissement de l'hôpital redéfinit son organisation, notamment en confiant les soins à des religieuses hospitalières. La construction de nouveaux bâtiments est aussi décidée. Après s'être mis d'accord pour le terrain de la Franche Courtine, située au coeur de Porrentruy, les travaux peuvent débuter en janvier 1762. Le bâtiment est béni le 21 juin 1765. Au cours du XIXe siècle, plusieurs travaux d'extension et d'aménagement sont effectués, dus notamment à l'augmentation du nombre de malades. Le bâtiment conserve sa vocation d'hôpital jusqu'en 1956, date à laquelle un nouveau complexe plus moderne est construit. Au début des années 1960, il accueille l'école secondaire de jeunes filles puis, dès 1987, un centre culturel comprenant musée et bibliothèques. Les trois premières soeurs hospitalières à oeuvrer à Porrentruy sont Marie-Eve Ostertag, Marie-Anne Jeannerat et Marguerite Pêcheur. Elles suivent toutes trois une formation à Pontarlier avant d'être admises à la profession le 29 avril 1765. Bien qu'elles jouissent d'une certaine autonomie, elles demeurent néanmoins sous la dépendance du bureau de direction de l'hôpital. Rapidement, leur nombre sera augmenté. Cinq au début du XIXe siècle, elles sont une dizaine entre 1875 et 1927. A leur maximum, elles sont 35 en 1973 puis 19 en 1991. Elles ne s'occupent néanmoins pas seules de la tenue de l'établissement, elles sont en effet entourées de domestiques et de personnel plus spécifique (boulanger, chirurgien, médecin, barbier, veilleurs, etc). Outre l'accueil des malades (en priorité les bourgeois, puis les habitants, les résidents et en dernier lieu les étrangers), l'hôpital se livre aussi à d'autres activités sociales, telles que la distribution d'aumônes (pain, grain et argent), la prise en charge de frais d'apprentissage pour des jeunes dans le besoin ou l'aide aux orphelins. Le travail de la mère supérieure, élue en principe tous les trois ans, consiste notamment en la tenue des comptes de la « petite dépense », c'est-à-dire tout ce qui a trait à l'économie domestique. Elle prend part en outre aux séances du bureau de la direction, se prononce lors des admissions des malades et dans le choix des postulantes. Les autres soeurs ont la tâche de dispenser les soins et d'assumer les travaux d'intendance, tels que la cuisine et le jardinage. En 1956, les soeurs quittent définitivement l'Hôtel-Dieu pour s'installer dans les nouveaux bâtiments. En 1973, un contrat signé entre l'hôpital de district et la communauté permet aux religieuses d'obtenir un statut équivalent au personnel laïc en ce qui concerne la formation professionnelle, les salaires, les horaires et les congés. En 1975 est construite une maison indépendante, reliée à l'hôpital par une passerelle, qui permet aux religieuses de trouver l'intimité indispensable à leur vie spirituelle. La communauté de Porrentruy, dont la spiritualité s'aligne sur les hospitalières de Besançon, elles-mêmes issues de Beaune, a fondé deux filiales : Soleure (1788) et Delémont (1851).

Supérieures: 1765- 1766 Marie-Eve Ostertag 1766-1769 Mère Bevalet 1769-1775 Marie-Eve Ostertag 1775-1778 Marie-Anne Jeannerat 1778-1812 Marie-Eve Ostertag 1812-1814 Catherine Girard 1815-1825 Marie-Anne Coudre 1825-1834 Thérèse Schemmel 1834-1839 Thérèse Stockmar 1839-1840 Marie-Jeanne Docourt 1840-1846 Rose Gigandet 1846-1855 Hélène L'Hoste 1855-1861 Hélène Turberg 1861-1870 Hélène L'Hoste 1870-1905 Jeanne-Marie-Anne Husson 1905-1923 Constance Déboeuf 1923-1932 Henriette Schaltenbrandt 1932-1933 Mathilde Varrin 1933-1935 Marie Grimaître 1935-1938 Maria Dubail 1938-1947 Elisabeth Willemin 1947-1956 Madeleine Ostorero 1956-1962 Claire Piegay 1962-1968 Marguerite Fridez 1968-1974 Anne-Marie Brunner 1974-1986 Marguerite Fridez 1986- Marie-Paul Willemin