En activité depuis le 1er août 2004, la Fondation rurale interjurassienne (FRI), regroupe l'Institut agricole du Jura (Courtemelon), le Centre de formation et de vulgarisation agricole du Jura bernois (CFVA) (Loveresse) et les deux Associations des groupes d'études rurales du Jura et du Jura bernois. La FRI travaille en outre en partenariat avec les Chambres d'agriculture des deux régions. La FRI travaille dans le domaine de la formation professionnelle de base et supérieure (niveau CFC et niveau brevet et maîtrise) et dans la formation professionnelle continue. Elle joue aussi un rôle important de conseil et de développement auprès des familles paysannes, de collectivités publiques et d'institutions. La FRI soutient aussi les efforts de commercialisation des spécialités régionales et de l'agriculture biologique ainsi que le projet visant à maintenir et à valoriser les vergers de hautes tiges dans le Jura. La FRI participe également aux travaux d'études dans le cadre du projet Interreg franco-suisse concernant les pâturages boisés. La FRI est gérée par un conseil de douze membres, composé à parts égales de représentants du Canton de Berne, de la République et Canton du Jura, de la Chambre d'agriculture du Jura bernois et de la Chambre jurassienne d'agriculture, ainsi que par une direction générale désignée par le Conseil de fondation.