Eine Besonderheit des ehemaligen Fürstbistums Basel liegt darin, dass auf seinem Territorium gemessen an der Fläche gegenüber den anderen Bistümern am meisten Hexenprozesse stattfanden. Die frühesten Dokumente über die strafrechtliche Verfolgung der Hexerei stammen aus dem Jahr 1549. Sie bezeugen Fälle von Todesurteilen gegen Frauen, wobei die Urteile selbst nicht überliefert sind. Die gerichtlichen Ermittlungs- und Prozessakten, die uns bekannt sind, beziehen sich auf die Dauer von rund einem Jahrhundert zwischen 1571 und 1712. In dieser Zeit wurden nicht weniger als 181 Frauen der Hexerei angeklagt - mit 95% der höchste Frauenanteil in der ganzen Gegend des Juragebirges. Eine Studie zur Hexenverfolgung im Jura von E. William Monter zeigt, dass es sich meist um verheiratete Frauen (61%) und Witwen (33%) handelte, während sich darunter nur 11 Ledige fanden. Das mag damit zusammenhängen, dass das Durchschnittsalter der "Hexen" rund 60 Jahre betrug.

Unter Fürstbischof Blarer von Wartensee wurde besonderer Wert auf das gute Funktionieren der Justiz im Herrschaftsgebiet gelegt. Darunter verstand man in der Regel Strenge, besonders im Strafrecht. Der Fürstbischof legte grossen Wert auf den richtigen Glauben seiner Untertanen, eine Haltung, die ab 1581 bei der Veröffentlichung seiner Dekrete zum Konzil von Trient besonders stark in Erscheinung trat. Er stiess in seinem Machtgebiet eine breite antireformatorische Bewegung an, die darauf abzielte, die Glaubensfestigkeit und den religiösen Eifer seiner Untertanen zu stärken. Offenbar gingen diese Massnahmen zur Festigung der Ordnung mit einer Zunahme von Hexenprozessen einher, wie es die 1590 im Dorf Cornol erfolgten Ermittlungen belegen.

Die Haltung des Fürsten war klar und unterschied sich nicht von den Auffassungen, die in jener Epoche auch in anderen Grenzregionen üblich waren. Das bedeutete, dass er seine Autorität in der durch zahlreiche wirtschaftliche und konfessionelle Schwierigkeiten heimgesuchten Gegend möglichst stark zu markieren suchte und die Toleranz einschränkte. Für die Hexenverfolgung wurden eigene "Hexereigerichte" eingesetzt. Für ihre Besetzung wurden aus Sorge um die Unparteilichkeit auswärtige Richter berufen - während das Gericht normalerweise im Hauptort der Region, wo das "Verbrechen" begangen wurde, tagte. Die Todesstrafe durch Verbrennen auf dem Scheiterhaufen war der Normalfall. In Fällen von Reue kam es aber vor, dass die Strafe "abgemildert" wurde, indem die Verurteilte zuerst erdrosselt und erst dann dem Feuer übergeben wurde.