Créée au début de l’année 2006, la Commission culturelle interjurassienne (CCIJ) est la première commission consultative de la culture commune à deux états. La CCIJ a pour but de contribuer à la promotion et au rayonnement des activités culturelles qui sont du ressort des délégué-e-s aux affaires culturelles et qui ont une dimension interjurassienne.
La CCIJ est composée de huit membres, quatre nommés par chaque gouvernement cantonal. La fondation de la CCIJ remonte au 20 décembre 2001 et à l’adoption par l’Assemblée interjurassienne (AIJ) de la résolution 55, qui charge les deux exécutifs cantonaux de mettre en place une institution commune chargée de la promotion culturelle dans le Jura bernois et le Canton du Jura. Une année plus tard, le 18 décembre 2002, les gouvernements bernois et jurassien mettent sur pieds le Groupe de travail « Politique culturelle interjurassienne » dont ils nomment les membres :
- Président : Daniel Ruedin, chef du service des affaires culturelles du canton de Neuchâtel
- Délégation bernoise : Jacques Hirt, Anne Girod Marchand, Claude Merazzi, tous trois membres de la commission francophone chargée des affaires culturelles générales
- Délégation jurassienne : Michel Hauser (chef de l'Office du patrimoine historique), Odile Montavon (présidente du Forum interjurassien de la culture), Jean-René Ramseyer (ancien député au Parlement jurassien).
La première tâche de ce Groupe de travail est de participer à la nomination des délégués aux affaires culturelles des deux cantons. En juin 2003, les deux gouvernements annoncent simultanément les nominations d’Anne-Catherine Sutermeister pour la section francophone bernoise et Jean Marc Voisard pour le Jura.
Entretemps, le 26 mars 2003, le Groupe de travail envoie aux deux gouvernements son Rapport intermédiaire, le Rapport Ruedin. Ce dernier propose une structure évolutive de la CCIJ ainsi que différents projets et mesures telles que la création d’une salle de spectacle interjurassienne et d’une Commission interjurassienne de littérature, de la mise en place d’un Orchestre symphonique jurassien non professionnel, de la recherche des modalités financières autorisant la poursuite des activités de l’Université populaire jurassienne, du réexamen des modalités de soutien du canton de Berne à la Société jurassienne d’Emulation (SJE) et de la redéfinition de la politique des musées.
Le 17 septembre 2003, la ministre de l'Education du Canton du Jura, Mme Elisabeth Baume-Schneider, et le directeur de l'Instruction publique du canton de Berne, M. Mario Annoni, acceptent le Rapport Ruedin et prolongent le mandat du Groupe de travail.

Le 12 juin 2004, a lieu la première séance de travail commune de la Commission jurassienne des affaires culturelles (CCA, fondée en 2004, dépendant des affaires culturelles de l'Office de la culture de la République et Canton du Jura) et de la Commission francophone chargée des affaires culturelles générales du canton de Berne, à Bellelay. La réunion de ces deux commissions prend le nom de C18. Elle se compose de :
- pour le Jura : Jean-Marie Moeckli, président, Odile Montavon, coprésidente, Joël Vallat, coprésident, Vincent Baume, Michel Haenggi, Marie-Jeanne Liengme, Jean-Louis Miserez, Anne Schild, Olivier Tschopp et Jean Marc Voisard ;
- pour Berne : Claude Merazzi, président, Roger Fiechter, Anne Girod Marchand, Michelle Berri, Pierre-Edouard Hefti, Anne-Marie Heiniger, Jacques Hirt, Mirei Lehmann, Jean-René Moeschler et Anne-Catherine Sutermeister.

Durant l’année 2004, la C18 accepte le projet d’un Centre régionale d'expression artistique (CREA) et décide de le transmettre aux deux Gouvernements et soutient le Festival «EviDanse» par un subside extraordinaire de 50'000 francs (25'000 par canton).
Le 8 novembre et le 14 décembre 2004, le Gouvernement jurassien et le Conseil-exécutif bernois signent respectivement l'« Accord entre le Canton de Berne et la République et Canton du Jura instituant la Commission culturelle interjurassienne (CCIJ) ».

Durant l’année 2005, la C18 établit sa liste des priorités et commence le travail en vue d’une commission de littérature intercantonale et de son projet CREA dont l'avant-projet est présenté à la presse le 3 octobre 2005.
Le 14 décembre, les deux gouvernements nomment les représentants de la CCIJ, ce qui implique la dissolution de la C18. La première séance de la CCIJ a lieu le 19 janvier 2006 à Delémont. Le 8 mai 2006, elle attribue son premier prix interjurassien destiné à des artistes photographes et vidéastes de la région jurassienne. Les deux lauréats sont Garance Finger, de Courtételle et à Alexandre Girod, de Moutier. Durant l’année 2006, la CCIJ crée aussi un groupe de travail interjurassien "Théâtre et danse".

Un premier coup dur intervient en 2010, lorsque qu'en août 2010, le gouvernement bernois renonce au projet de Centre interjurassien d’expression des arts de la scène (CREA) pour des raisons financières, alors que peu auparavant, la piste d'un CREA sur deux sites (Delémont et Bévilard) avait été envisagée.

En 2013 et 2014, des pourparlers entre Berne et Delémont ont pour but de maintenir la CCIJ en lui assignant de nouvelles missions. Toutefois, comme le précise le communiqué de presse commun aux deux cantons, « la conjonction des décisions politiques successives des deux cantons n’ayant pas favorisé ou permis la réalisation des projets phares, et le résultat du vote populaire du 24 novembre 2013 dans le Jura bernois ont incité le Gouvernement jurassien à renoncer à cette commission culturelle commune. »
Le 16 juin 2015, c'est donc le Gouvernement jurassien qui résilié le premier l'accord institutant la CCIJ, suivi le 1er juillet 2015 par le Conseil-exécutif bernois. L'accord intercantonal qui instituait la CCIJ est ainsi abrogé. Cette dernière cesse ses fonctions au 31 août 2015, les commissions artistiques spécifiques prenant le relais des tâches autrefois dévolues à la CCIJ. Ainsi, la Commission intercantonale des arts de la scène (CicaS) reprend les deux grands dossiers que sont le « Réseau ARS » (BE) et le projet « CREA » (JU). Les offices de la culture respectifs reprenant les autres dossiers de la CCIJ encore en cours.

Premier comité de la CCIJ :
- Jacques Hirt, co-président
- Jean-Marie Moeckli, co-président 2006
- Anne Girod-Marchand
- Pierre Edouard Hefti
- Marie-Jeanne Liengme
- Odile Montavon
- Séverine Perret
- Joël Vallat

Comité de la CCIJ :
- Patrick Amstutz, co-président, Bienne ; remplacé par Antoine Le Roy dès 2010
- Pierre-Olivier Cattin, co-président 2007-2010, Porrentruy ; remplacé par Jean-Noël Maillard dès 2010
- René Koelliker, Crémines
- Antoine Le Roy, Bienne
- Marie-Jeanne Liengme, La Chaux-de-Fonds
- Odile Montavon, Delémont; remplacée par Nathalie Fleury dès le 1er janvier 2009
- Séverine Perret, Saint-Imier
- Joël Vallat, Saignelégier
- Chantal Calpe, JU

Bourses de voyage et prix attribués par la CCIJ :
2006 Prix interjurassien attribué à Garance Finger et Alexandre Girod
2008 Bourse sonore attribuée à Pascale Schaer et Astride Schlaefli
2009 Prix aux cinémas indépendants du Jura et du Jura bernois
2009 Prix spécial à Jean-Claude Wicky, pour son travail consacré aux mineurs boliviens et notamment son film « Tous les jours la nuit »
2012 Bourses de voyage pour illustrateurs attribuées à Céline Meyrat, de Bienne, et Léandre Ackermann, de Rossemaison
2014 Bourses de voyage pour artistes en arts textiles attribuées à Manon Kündig, de Reconvilier, et Romance Berberat, de Glovelier