Gegründet am 21. Oktober 1950 in La Neuveville auf Anregung von Marcel Joray, dem Gründungspräsidenten. Sein Ziel ist es, diejenigen Jurassier, die eine schöpferische Tätigkeit auf dem Gebiet der Wissenschaft, Literatur oder Kunst ausüben, zu versammeln. Diese kleine «Akademie» zählt zu Beginn rund 30 Mitglieder. Sie bietet einen Ort der Begegnung und des Austausches und trägt zur Förderung des Jura und seiner Anerkennung im Kulturkreis der französischen Schweiz bei.

Unter der Leitung seines ersten Präsidenten Marcel Joray, Schulrektor und Herausgeber, zeichnet sich das Jurassische Institut vor allem auf dem Gebiet künstlerischer Ausstellungen aus. Aus dieser Zeit stammen auch die Musikwettbewerbe sowie der Grosse Preis des Instituts, der die hervorragendsten Mitglieder belohnt.

1962 folgt Pierre-Olivier Walzer (*1915), Professor für französische Literatur an der Universität Bern, Marcel Joray als Präsident nach. Er leitet in Zusammenarbeit mit der «Société Jurassienne d'Emulation» (SJE) das Editionsprojekt der Anthologie jurassienne (2 Bände, 1964 und 1965). Sein Vorsitz endet mit der Publikation eines Luxuswerkes, Jura, textes et gravures zum zwanzigjährigen Bestehen des Instituts.

Anschliessend übernimmt Henri Carnal (*1939), Professor für Mathematik an der Universität Bern, 1971 das Präsidium. Als begeisterter Musikliebhaber gibt er zwei den Komponisten Jean-Frédéric Perrenoud, Henri Gagnebin und Alphonse Roy gewidmete Schallplatten heraus und organisiert Konzerte mit zeitgenössischer Musik. Er gewährleistet auch die Kontinuität der Musikwettbewerbe. In Zusammenarbeit mit der «Société Jurassienne d'Emulation» wird der Joseph-Lachat-Preis ins Leben gerufen. Nach den Plebisziten von 1974 und 1975 veröffentlichen die südjurassischen Schriftsteller das erste Heft des Instituts, Le Jura Sud à la recherche de son identité (Der Südjura auf der Suche nach seiner Identität, 1977). Das dreissigjährige Jubiläum des Instituts wird durch die Publikation des Rapport public no. 2 ('ffentlicher Bericht Nr. 2) gekennzeichnet.

Denis Maillat (*1940), Wirtschaftswissenschaftler und Rektor der Universität Neuenburg (von 1991 bis 1995), Präsident ab 1984, führt das Werk seiner Vorgänger fort. Mehrere Werke werden unter seinem Vorsitz herausgegeben: Le Pays, la langue (1985) unter der Leitung des Dichters Pierre Chappuis, Relève (1990), geleitet von Jean-Pierre Monnier, eine Sammlung unveröffentlichter Texte von zwölf jungen jurassischen Autoren, und L'autogestion, disait-on (1987), ein dem jurassischen Soziologen Albert Meister gewidmetes Werk.

1990 wird André Bandelier (*1940), Historiker und Professor am Seminar für modernes Französisch der Universität Neuenburg, Nachfolger von Denis Maillat. Eine neue Reihe von «cahiers» (Heften) wird herausgegeben sowie ein Kolloquium über die Transjurane (Autobahn A16) organisiert.

1996 übernimmt Eric Jeannet (*1932), Physiker und ehemaliger Rektor der Universität Neuenburg, die Leitung des Instituts. Anlässlich seines 50. Geburtstages im Jahre 2000 wirkt das Institut an der Publikation der Anthologie de la littérature jurassienne (Ausgewählte Sammlung der jurassischen Literatur) mit und organisiert den elften Musikwettbewerb.

Nach Eric Jeannet hat Gervais Chapuis (*1944), Kristallograph, Professor an der Naturwissenschaftlichen Fakultät der Universität Lausanne sowie Professor für Physik und Kristallographie an der ETH Lausanne, von 2004 bis 2009 das Präsidium inne. Aktueller Präsident ist André Wyss (ordentlicher Professor für modernes Französisch an der Universität Lausanne).