Le 21 mai 1844, la commune de Saint-Imier voit l'ouverture d'une salle d'urgence privée de cinq lits, dont le promoteur principal est le Dr. Herrmann Basswitz. Le financement est privé jusqu'en 1849, puis bénéficie du soutien de l'État. Dès 1851, on débat de la construction d'un hôpital proprement dit. En 1856, un nouveau bâtiment avec douze lits est inauguré ; il en comptera 56 en 1885, notamment grâce à l'aide de la Caisse centrale des pauvres du district. En 1856, la direction de l'hôpital compte 7 membres (deux nommés par le canton de Berne, deux par la Caisse centrale des pauvres et trois par la commune de Saint-Imier). Cette direction nomme le Bureau de l'hôpital (4 membres) et le Comité des dames, responsable des tâches domestiques. Le Dr Samuel Schwab, arrivé à Saint-Imier en 1858, joue un rôle important dans la mise en place de l'hôpital. De 1850 à 1896, l'hôpital fonctionne avec un système de tournus entre les médecins de la commune (les Drs Berret, Delay, Gobat, Schwab, Troxler et Wiser). En effet, les hôpitaux sont alors des établissements d'utilité publique destinés avant tout aux pauvres ; être médecin à l'hôpital n'est donc pas une activité très rentable, contrairement aux soins aux patients privés, soignés à domicile. L'hôpital de Saint-Imier fonctionne grâce aux religieuses engagées à temps plein : les diaconesses de St-Loup (1856-1873), remplacées ensuite par celles de Berne.
Les années 1890-1914 présentent une phase de modernisation avec l'arrivée d'une nouvelle génération de chirurgiens dans les hôpitaux, qui deviennent alors le lieu central de la pratique médicale, notamment en raison des progrès de la chirurgie qui rendent nécessaires un matériel et un environnement adéquats. A Saint-Imier, c'est Emile Cuttat qui est le principal modernisateur de l'hôpital. Les services de chirurgie et de médecine interne sont divisés en 1900, et un médecin assistant est engagé en 1912. De 1914-1945, de nouveaux changements importants aboutissent à une véritable professionnalisation de la gestion hospitalière. Un premier élément consiste en des changements architecturaux, qui permettent une capacité d'accueil accrue. Dès 1900, on parle, à Saint-Imier, d'agrandir les locaux de l'hôpital. La Première Guerre mondiale, puis des difficultés financières dans les années 1920, vont repousser ce projet jusqu'en 1934, date de l'inauguration du nouveau bâtiment de 1,4 millions de francs (l’ancien bâtiment est transformé en fabrique horlogère durant les années 1940). A côté des subsides des pouvoirs publics (Confédération et canton), de la Caisse centrale des pauvres et des fonds propres, il faut désormais ajouter les emprunts bancaires qui, en 1934, représentent 65,4 % du financement de l'hôpital. D'autres changements sont dûs aux découvertes scientifiques telles que la radiologie (en 1895), et nécessitent un environnement médico-technique de plus en plus spécialisé (Saint-Imier ouvre son service de radiologie en 1910) ainsi qu'une professionnalisation du personnel soignant, qui devient aussi plus nombreux. Un autre élément qui peut être mentionné est la lutte contre la tuberculose, principale cause de mortalité en Suisse au début du XXe s., et encore plus virulente dans le Jura bernois que dans le reste du pays. A Saint-Imier, le Dr Emile Cuttat va jouer un rôle important dans l'ouverture du pavillon antituberculeux en annexe du nouveau bâtiment de 1934 (il fermera ses portes en 1956, l'État préférant envoyer les tuberculeux en altitude, en sanatorium). Ainsi, suivant en cela une tendance générale, l'hôpital de Saint-Imier devient plus grand, plus complexe et plus coûteux, ce qui nécessite une meilleure gestion administrative. En 1922, on nomme un caissier, en 1931, une secrétaire, et en 1935 un gérant à mi-temps, Charles Stämpfli, remplacé par Arthur Kroepfli en 1943. En parallèle, on assiste à l'arrivée de personnalités du monde industriel dans le comité de direction de l'hôpital. Dirigé jusqu'en 1935 par des pasteurs, il est ensuite administré par l'industriel Charles Jeanneret (1935-1964).
Dès 1945, on assiste à une croissance extraordinaire du système de santé en Suisse. Le très fort développement démographique fait aussi augmenter le nombre de malades, alors que l'offre médicale se diversifie de plus en plus. A Saint-Imier, on ouvre des services de médecine interne (1956), de gynécologie (1973), de pédiatrie (1974) et de soins intensifs (1975). Le personnel se laïcise (phénomène qui se fait dans le cadre plus large d'une laïcisation de la société), s'internationalise, se professionnalise, et devient toujours plus nombreux. A Saint-Imier, en 1945, on engage un médecin-chef à plein temps, qui n'a plus une pratique médicale privée à côté comme c'était le cas jusqu'à maintenant (Walter Stähli). Les diaconesses quittent Saint-Imier en 1961, remplacées par une infirmière cheffe, formée à La Source à Lausanne. L'appel à du personnel étranger (30% en 1970) pour faire face au besoin croissant de personnel et au départ des diaconesses reflète les conditions de travail très dures dans le domaine hospitalier (plus d'heures de travail que dans l'industrie et salaires plus bas). Cette situation va cependant évoluer (par exemple avec l'inauguration d'un bâtiment pour le personnel en 1953), ce qui aura une incidence directe sur les coûts de la santé. En 1980, les charges salariales représentent 73,3% des dépenses. Finalement, les nouvelles infrastructures techniques et les nouvelles connaissances en médecine nécessitent un personnel de plus en plus qualifié, d'où l'ouverture à Saint-Imier d'une école pour infirmières-assistantes en 1980 et d'une classe francophone à l'École d'infirmières en soins généraux de Bienne, également en 1980. Le mouvement amorcé dès les années 1930, qui voit un rôle toujours plus prépondérant des industriels dans la gestion de l'hôpital, s'accroît encore. En effet, dans les districts de Moutier et Courtelary, les 30 Glorieuses sont marquées par un fort développement industriel. A Saint-Imier, Francis Rubin (1965-1979) succède à Charles Jeanneret.
La fin des années 1960 et le début des années 1970 sont marqués par une plus forte intervention de l'État dans le financement et l'administration de l'hôpital. L'organisation du système hospitalier va désormais se faire au niveau cantonal. La loi sur les hôpitaux adoptée en 1973 fait de Bienne le centre hospitalier d'une région regroupant les districts d'Aarberg, Bienne, Courtelary, Laufon, Moutier et Saint-Imier. Les hôpitaux de districts, notamment Moutier et Saint-Imier, deviennent, eux, des hôpitaux à vocation généraliste. Cette restructuration, ainsi que la crise économique des années 1970, génèrent dans les hôpitaux de Moutier et Saint-Imier une stagnation des hospitalisations et un changement de la population hospitalisée. En effet, le fort vieillissement de la population ainsi que la planification hospitalière cantonale, en vigueur depuis 1978, qui prévoit une centralisation de l'équipement médico-technique à Bienne, engendrent un développement des services de gériatrie et de maladies chroniques. Pourtant, les coûts de la santé, aussi au niveau national, continuent d'augmenter (la médecine se spécialise, se complexifie et se mécanise). Saint-Imier et Moutier ne peuvent échapper aux transformations de la médecine, notamment avec l’augmentation du nombre de médecins et du personnel en général, même si le nombre des patients reste stable. On inaugure de nouveaux locaux en 1972 et en 1977-1978, on prend la décision de réaliser un nouveau complexe regroupant un hôpital et un home avec une infrastructure technique (cuisine, salle de conférence, lingerie...) commune. Ce projet est accepté en votation populaire au mois de juin 1987. Les travaux commencent en 1990 et la cérémonie d'inauguration de l'hôpital totalement rénové, agrandi et modernisé, a lieu en 1998. Les années 1990 sont en outre marquées par une mise en réseau des établissements hospitaliers, qui aboutira à la fondation de l'Hôpital du Jura bernois SA (HJB SA), regroupant les sites de Moutier et Saint-Imier, en 2000.
Présidents du conseil d'administration (comité de direction dès 1985) :
1) pour la salle d'urgence :
Herrmann Basswitz
Jeanmaire
Auguste Marchand
Dr Berset

2) pour l'hôpital :
Pasteur Louis-Auguste Bernard
Pasteur Louis Gagnebin-Meyrat
Pasteur Koetschet
Pasteur Zimmermann
Georges-Frédéric Fayot
1919-1935 Pasteur Emile Perrenoud
1935-1964 Charles Jeanneret
1965-1979 Francis Rubin
1980-1983 Charles Nikles
1985-1995 Meinhard Friedli
Dès 1995 John Buchs (devient ensuite président du conseil d'administration de l'HJB SA)

Gérants, puis Directeurs :
1935-1943 Charles Stämpfli
1943-1956 Arthur Kroepfli
Mme Berger
Mme Roethlisberger
1973-1987 Jean-Robert Bouvier
Dès 1987 Henri Pingeon