1948 est l'année de création du HC Porrentruy qui joue alors sur l'étang Corbat. Ce petit club disparaît en 1956 mais la même année naît une nouvelle équipe à Vendlincourt, sous l'impulsion de Charly Corbat, qui va profiter de la patinoire naturelle ouverte la même année. Le HC Vendlincourt va atteindre la 2e ligue. Le 10 mars 1973, le club prend le nom de HC Ajoie et déplace son siège à Porrentruy. Le club va s'étoffer avec des équipes de vétérans, de minimes et de novices. Le premier match de la première équipe du HC Ajoie a lieu le 17 novembre 1973. Il lui faut attendre 1978 pour être promu en 1ère ligue puis 1982 pour accéder à la LNB. Durant trois saisons, le club jouera en LNA, de 1988 à 1990 et de 1992 à 1993. Mais ce passage au plus haut de l'élite suisse laissera d'importants problèmes financiers au club. A la fin de la saison 1990-1991, le déficit atteint 300'000.- alors qu'une société anonyme, HCA Invest SA, doit être créée pour gérer les prêts et les transferts de joueurs. En avril 1993, le déficit est de 837'000 francs. Le 19 juillet 1994, le club est déclaré en sursis concordataire et une opération de sauvetage est lancée sous le nom de « HC j'y crois ». Le concordat pourra être homologué grâce à une rentrée d'argent de 420'000.-. Après deux retours en 1ère ligue de 1995 à 1996 et de 1997 à 2000, le club a rejoint la LNB où il évolue depuis 2000, atteignant à cinque reprises les demi-finales. En 2016, il devient de nouveau Champion de Suisse de LNB puis remporte la Coupe de Suisse de Hockey sur glace en 2020 face au HC Davos (qui évolue en première division helvétique). En avril 2021, le club remporte la finale des play-offs de Swiss League 4-2 en 6 matchs face à Kloten et monte en National League, ou il évoluera lors de la saison 2021-2022.

Historique
17.11.1973 Premier match du HCA
08.03.1978 Promotion en 1ère ligue
10.03.1982 Promotion en LNB
03.03.1984 Relégation en 1ère ligue
19.03.1985 Promotion en LNB
26.03.1988 Champion de Suisse de LNB et promotion en LNA
10.03.1990 Relégation en LNB
07.04.1992 Champion de Suisse de LNB et promotion en LNA
25.02.1993 Relégation en LNB
18.03.1995 Relégation en 1ère ligue
23.03.1996 Promotion en LNB
15.03.1997 Relégation en 1ère ligue
2000 Champion de Suisse amateur en 1ère ligue et promotion en LNB
01.04.2016 Champion de Suisse de LNB
02.02.2020 Vainqueur de la Coupe de Suisse
28.04.2021 Champion de Suisse de Swiss League (ex-LNB) et promotion en National League (ex-LNA)

Présidents
1973 - 1976 Michel Wahl
1976 - 1979 Jean-Pierre Henzelin
1979 - 1980 Charles Corbat
1980 - 1981 Jean-René Ramseyer
1981 - 1983 André Donzé
1983 - 1984 Hervé de Weck
1984 - 1986 Charles Corbat
1986 - 1989 Vittorio Amadio
1989 - 1992 Rémy Erard
1992 - 1997 Patrice Buchs
1997 - 1999 René Gigon depuis 1999 Patrick Hauert

Entraîneurs
1973-1974 Marcel Aubry
1974-1976 Francis Monnin
1976-1980 Jost Thoma / Marcel Aubry
1980-1983 Jacques Noël 1
983-1986 Jean Trottier
1986-1988 Richard Beaulieu
1988-1989 Ken Tyler / Marcel Aubry / Larry Rush
1989-1990 Marcel Aubry / Larry Rush
1990-1991 Richard Beaulieu / Richmond Gosselin
1991-1993 Richmond Gosselin
1993-1994 Mike McNamara / Claude Fugère
1994-1995 Claude Fugère / Doug McKay
1996-1996 Doug McKay / Hans Kossmann
1996-1997 Hans Kossmann / Robert Millette
1997-1998 Charles Thiffault
1999-2003 Merlin Malinowsky
2003-2004 Marc Leuenberger
octobre 2004-mars 2005 Paul-André Cadieux (auparavant Pierre Vacheron)
2005 Paul Gagné
2006-2008 Dany Gélinas
2008-2010 Real Paiement
2010-2011 Paul Adey
2011-2012 Paul Adey, puis Vincent Léchenne
2012-2014 Jan Tlacil
2014- Gary Sheehan