Originaire de Coeuve. Né le 22 juillet 1954 à Porrentruy. Fils de Martin Choffat, agriculteur, et de Suzanne née Henzelin, mère au foyer et agricultrice. Epouse Chantal Crelier, secrétaire. Père de trois enfants.
Après l'école primaire à Coeuve et le Collège St-Charles à Porrentruy, C. obtient une maturité latin-grec au Collège de l'Abbaye de St-Maurice en 1974, puis un brevet littéraire (français, latin, grec, éducation artistique) de maître secondaire à l'Université de Berne en 1979. Nommé enseignant au Collège Thurmann à Porrentruy en 1979, il en devient le directeur de 1993 à 2005, avant de reprendre un enseignement à 100% dans le même collège jusqu'à sa retraite, en juillet 2014.
Membre de la Société jurassienne d'Emulation (SJE) depuis 1980, C. en devient le responsable des Actes en 2006 puis le président central dès 2014.