En 1919, Louis Affolter (1880-1947) fonde à Renan une fabrique de pignons. En 1925, il la déplace à Malleray sous la raison sociale « Louis Affolter, fabrique de pignons et pivotages en tout genre ».
En 1947, la deuxième génération, les frères André (1916-1972), René (1918-1971) et Marc (1928), se retrouve à la tête de l'entreprise baptisée désormais « Les Fils de Louis Affolter ». En 1957 est construit un nouveau bâtiment spécialement destiné à la production. En 1978, la société devient « Pignons Affolter SA » (« Affolter Pignons SA dès 2004).
L'année 1985 voit la troisième génération arriver à la tête de l'entreprise, soit les trois fils de Marc : Marc-Alain, Jean-Claude et Michel. C'est avec cette troisième génération que l'entreprise se lance dans la fabrication de machines et ouvre un département de développement électronique et mécanique. En 1991, ce département devient Affolter Electronique SA, rebaptisé en 2005 Affolter Technologies SA, société juridiquement séparée.

Le groupe Affolter (Affolter Holding SA) possède également sa société de gestion, AF Management SA. Fin 2008, il employait 175 personnes.