Die Landestroublen als Folge der massiven Zentralisierungsreformen von Fürstbischof Johann Konrad von Reinach führten den Fürstbischöfen die Schwächen ihres Repressionsapparats im Falle einer inneren Bedrohung vor Augen. Angesichts des Aufstandes seiner Untertanen – aus denen sich gleichzeitig auch die Milizarmee rekrutierte – sah sich der Fürstbischof gezwungen, seinen mächtigen Nachbarn, den König von Frankreich, um Hilfe zu bitten. Nur so konnte er die Ordnung wiederherstellen und die von Pierre Péquignat angeführten aufständischen Bauern bestrafen.
Vor diesem Hintergrund lassen sich die Aushebungen einer Kompanie im Jahr 1744 und die eines kapitulierten Regiments in französischen Diensten im Jahr 1758 erklären. Ein eigenes «Schweizerregiment» kam nicht nur dem Stolz seiner Hochkatholischen Majestät gegenüber den Schweizer Kantonen (insbesondere gegenüber dem mächtigen Nachbarkanton Bern) entgegen, sondern stattete den Fürst auch mit einer bewaffneten Truppe von über tausend Mann aus, die in der Lage war, bei Bedarf innere Unruhen zu unterdrücken. In Friedenszeiten sollte eines der beiden Bataillone abwechselnd auf fürstbischöflichem Gebiet Garnison halten (Art. 13 der Kapitulationsakte vom 24. Februar 1758). In Tat und Wahrheit wurde dies nicht umgesetzt, doch dadurch lässt sich wohl die häufige Anwesenheit des Regiments in den elsässischen Garnisonsstädten (also in einer bereits stark militarisierten Gegend) erklären, wobei die Nähe zur Heimat übrigens die Fahnenflucht förderte.  
Neben den politischen und wirtschaftlichen Vorteilen konnte der Fürst durch die Aushebung eines eigenen Regiments auch die zahlreichen Söldner in seinem Dienst zu einer einzigen Truppe vereinen, über die er insbesondere mittels eines im Schloss von Pruntrut eingerichteten Rekrutierungsbüros eine strikte Kontrolle ausübte. Nicht genehme Rekrutierungsaktivitäten fremder Mächte auf seinem Gebiet konnten dadurch stark eingeschränkt werden.

Die Abenteuer des Regiments
Das zu zwei Dritteln aus Untertanen (für die es eine willkommene Anstellung bedeutete) des Fürsts bestehende Regiment führte den Namen ihres jeweiligen Obersts: Eptingen, Schönau, Reinach. Es beteiligte sich an den Deutschlandfeldzügen (1760-1762) des siebenjährigen Krieges und erlebte seine Feuertaufe in der Schlacht von Corbach. Nach dem Krieg bezog es in den traditionellen Garnisonsstädten an der nördlichen und der elsässischen Grenze Quartier. Obwohl die erst kürzlich erfolgte Kapitulation nahelegte, dass dieses Regiment besser nicht zur See ziehen sollte, brachen die Eptinger 1768 nach Korsika auf, nachdem Frankreich die Insel von Genua gekauft hatte und unterwerfen wollte. Nach einigen Rückschlägen konnte sich die rund 25'000 Mann starke französische Armee im Jahr darauf durchsetzen und den korsischen Anführer Paoli ins Exil zwingen, was zur Folge hatte, dass Napoleon als Franzose geboren wurde. Der korsische Feldzug kostete das E. mindestens 100 Tote, wobei mehr durch Seuchen als durch die Waffen umkamen. 10 Jahre später sollten die gesundheitsschädlichen Sümpfe von Charente 400 Männern des E. das Leben kosten, die in Rochefort – laut einem Denkmal auch «Regimentsfriedhof» genannt – in Quartier lagen. Wie alle anderen Schweizer Truppen wurde auch das Regiment des Basler Fürstbischofs einige Wochen nach dem Sturm auf die Tuilerien (10. August) im September 1792 in Dunkerque aufgelöst. Einige Soldaten integrierten sich in fürstliche Armeen, andere in der französischen Armee und wieder andere reisten in kleinen Gruppen unauffällig durch das revolutionäre Frankreich nach Hause.