Das interjurassische Tourismuszentrum der Stiftung «Fondation Bellelay» befand sich auf dem alten Landgut von Bellelay neben der Abtei inmitten einer geschützten natürlichen Moorlandschaft (heute Sitz der Promotion Bellelay SA). Am 9. September 1998 wurde die gemeinnützige Stiftung von 58 Gemeinden, verschiedenen Vereinen, Gesellschaften und Verbänden sowie rund 30 Einzelpersonen gegründet. Später schlossen sich 30 weitere Gemeinden aus der Region der Stiftung an. Finanzielle Unterstützung erhielt die Stiftung zudem durch die Kantone Bern und Jura. Der Stiftungszweck bestand in der Förderung der Freiberger Pferdezucht, dem landwirtschaftlichen Betrieb des Landgutes von Bellelay, dem Unterhalt und der Bewerbung des Naturmoorgebietes, der Tourismusförderung und dem Verkauf der lokalen Produkte.

Die Einrichtungsarbeiten begannen im Mai 2000. Am 21. Juni 2001 fand die offizielle Eröffnung statt. Das Zentrum umfasste damals ein Kompetenzzentrum für Freiberger Pferdezucht, ein Landwirtschaftsmuseum (in der Scheune des alten Bauernhauses), eine gemäss Plänen aus dem 18. Jh. rekonstruierte Schaukäserei und einen Naturlehrpfad. Die Leitung übernahm Claude-Alain Voiblet, einer der Initianten der Stiftung.

Bereits im November 2001 geriet die Stiftung in Schwierigkeiten. Der Baukredit wurde überschritten und Planungsfehler machten sich bemerkbar. So wurde z.B. der Betrieb des Pferdezuchtzentrums wegen zu starkem Durchzug in den Stallungen und kälteanfälligen Wasserleitungen beeinträchtigt. Im Frühling 2002 kam nochmals Hoffnung auf, als die Stiftung ihre zweite Saison mit einem Rechnungsüberschuss von rund CHF 5'000.- bei einem Gesamtumsatz von CHF 1'141'230.- antreten konnte. Im Dezember 2002 übergab Stiftungsratspräsident Ulrich Röthlisberger das Heft an François Vorpe. Drei weitere Stiftungsräte traten zurück.

Das Jahr 2003 begann mit neuen Rückschlägen. Am 11. Januar richtete ein Feuer schwere Schäden an, das von einem Patienten aus der nahen psychiatrischen Klinik gelegt worden war. Die Zukunft des Betriebs erschien erneut gefährdet. Ausserdem stellte François Vorpe fest, dass die finanzielle Lage der Stiftung in Wirklichkeit sehr viel kritischer aussah, als es die Darstellung im Jahr zuvor glauben machen wollte. Er erhob den Vorwurf, dass die Stiftung bis dahin über ihre Verhältnisse gelebt habe. Ende Monat gab Direktor Claude-Alain Voiblet seinen Rücktritt bekannt, gefolgt von Stiftungsratspräsident François Vorpe drei Tage später. Der Kanton beauftragte daraufhin eine unabhängige Treuhandgesellschaft mit der Buchprüfung der Jahre 2001-2002. Zum Stiftungsratspräsidenten ad interim wurde Pierre Paupe ernannt.

Die Ergebnisse der Buchprüfung wurden Ende Juni 2003 bekannt gegeben. Dabei zeigte sich, dass die finanziellen Probleme vor allem von der Überschreitung des Baukredits um CHF 2 Mio. herrührten. Diese waren durch Kredite der Banque Cantonale du Jura vorfinanziert worden.
Ende August wurde Jean-Marie Guerdat als Nachfolger von Claude-Alain Voiblet zum Direktor ernannt. Er trat sein Amt am 1. Oktober 2003 an. Am 17. Februar 2004 übernahm Toni Lutz das Amt des Stiftungsratspräsidenten.

Während des ganzen Jahres 2004 versuchte die Stiftung, die nötigen finanziellen Mittel für den Betrieb aufzutreiben – ohne Erfolg. Im Dezember 2004 musste sie Konkurs anmelden.

Im Juni 2006 beauftragte die Oberaufsichtskommission des Berner Grossen Rates den Zürcher Universitätsprofessor Georg Müller mit einer neutralen und externen Analyse des Falles Bellelay seit 1999. Der Bericht wurde im März 2007 veröffentlicht. Er übte insbesondere Kritik am Berner Regierungsrat wegen Vernachlässigung der Aufsichtspflicht und Kompetenzüberschreitung. Ausserdem wurde das Projekt als unrealistisch oder zumindest finanziell weit unterschätzt beschrieben. Die defizitäre Situation der Stiftung hatte von Beginn an bestanden, aufgrund von zusätzlichen notwendigen Bauarbeiten, die von den Kantonsbehörden nicht einberechnet worden waren.

Zwischenzeitlich hatte die Association des Maires et Présidents de Bourgeoisies du District de Moutier (=Vereinigung der Bürgermeister und Bürgergemeindepräsidenten des Bezirks Moutier) zusammen mit weiteren Persönlichkeiten aus der Region beschlossen, einen Rettungsplan für das regionale Kulturerbe Bellelay auf die Beine zu stellen. Im Dezember 2004 reichte die Vereinigung unter der Leitung von Paolo Annoni und Gabriel Juillerat ein entsprechendes Projekt beim Kanton Bern ein.
Am 2. März 2005 hiess der Berner Regierungsrat das Projekt gut. Der Plan bestand darin, das Vorkaufsrecht des Kantons auszuüben. Konkret wurde das Landgut «Ferme de la Grosse Fin» für CHF 1.- erworben und an den damaligen Pächter und Bauern Pierre Koller für CHF 1.3 Mio. weiter verkauft. Das Gestüt kaufte der Inhaber der Reitschule und Reitställe Biel, Gérard Lachat ebenfalls für CHF 1.3 Mio. Das historische Gebäude wurde an die Gesellschaft Promotion Bellelay SA für einen symbolischen Franken abgetreten. Für den Kanton Bern lief dieses Vorgehen auf ein Nullsummenspiel heraus, da die CHF 2.6 Mio. aus den Verkäufen dazu dienten, die Schulden der Stiftung zu begleichen.

Im Mai 2006 wurde die Promotion Bellelay SA gegründet. Das historische Gebäude heisst seither «L'Auberge» (Gasthof) und beherbergt das Museum, die Seminarräume, die Schlafsäle und Einzelzimmer. Die Aktivitäten rund ums Pferd werden vom Gestütsbesitzer, Gérard Lachat, angeboten. Eine Vereinbarung zwischen der Promotion Bellelay SA und der Interprofession Tête de Moine sorgt dafür, dass der Produktionsort des Tête de Moine und die alte Käserei weiterhin betrieben und besucht werden können.