Les Archives de la République et Canton du Jura (ARCJ) existent depuis 1979 mais il faut attendre la Convention du 19 avril 1984 sur le partage des biens culturels (entre le canton de Bern et le canton du Jura) pour que le contentieux archivistiques entre les deux cantons soient réglés sur des bases solides. A la suite de cette Convention, le Canton du Jura adopte une loi sur les archives publiques le 11 octobre 1984 qui conduit à la création de la Fondation des Archives de l’ancien Evêché de Bâle, en 1985. La même année, un accord est encore signé entre les cantons de Berne et du Jura.

Au terme de ces différents actes juridiques, les ARCJ sont placées sous la direction de l’archiviste François Noirjean. Administrativement, elles dépendent de l’Office de la culture (anciennenement Office du patrimoine historique). Elles ont leur siège à l’Hôtel des Halles à Porrentruy et gèrent les archives concernant la période passée sous la souveraineté bernoise remises par l’Etat de Berne à la République, et les archives privées qui lui sont remises par des particuliers.

Parmi elles, on peut citer le fonds Auguste Viatte (dès 1994), remarquable par son ampleur et sa richesse ou les documents sur Virgile Rossel, le poète Henri Devain, le journaliste Paul Noir ou des hommes politiques tels qu’Alfred Ribeaud et Roland Béguelin. Par ailleurs, des associations telles que la Société jurassienne d’Emulation (SJE) ou l’Institut jurassien des sciences, des lettres et des arts ont aussi versé leurs archives aux ARCJ.

Le nom actuel du service est : Archives cantonales jurassiennes.