En plus des Actes paraissant annuellement, la Société jurassienne d’Emulation (SJE) s’est toujours préoccupée de soutenir l’édition d’ouvrages jurassiens. Jusque dans les années 1960, ce soutien se traduit surtout par des aides financières. A partir des années septante, l'Emulation abandonne cette pratique. En revanche, l'édition devient au cours des deux dernières décennies l'une des activités majeures de l'Emulation, sous l'impulsion d'Alphonse Widmer dans un premier temps, de son successeur Bernard Bédat, puis de Claude Rebetez qui occupe la double responsabilité des Actes et des Editions de la société jusqu'en 2006.

On peut par exemple citer les publications suivantes :
- Anthologie jurassienne (1964 et 1965), en collaboration avec l’Institut jurassien des sciences, des lettres et des arts.
- Bibliographie jurassienne, 1928-1973 (1973)
- la collection Panorama du pays jurassien dirigée par Joseph Jobé et Bernard Bédat, en quatre volumes : Le Portrait du Jura (1979), Des travaux et des hommes. Agriculture - Artisanat - Industrie (1981), La mémoire du peuple (1983) et Vivre en société (1993) ; Prix littéraire de la République et Canton du Jura, 1983.
- Nouvelle histoire du Jura (1984), oeuvre collective réalisée par le Cercle d’études historiques (CEH).
- la collection L’oeil et la Mémoire, sous l’impulsion de Bernard Bédat, qui complète l’entreprise du Panorama (dès 1985).
- la collection L’Art en oeuvre, monographies consacrées à des artistes jurassiens (dès 1988).

Les Editions de la SJE travaillent aussi en collaboration avec d’autres institutions. On peut citer notamment la publication, dès 1991, des Cahiers d’archéologie jurassienne élaborés par la section d’archéologie de l’Office du patrimoine historique ; le Journal de ma vie du pasteur Théophile Rémy Frêne (1993 et 1994, 5 volumes) en coédition avec les Editions Intervalles, tout comme l’Anthologie de la littérature jurassienne de 1965 à 2000.

Quatre autres ouvrages relevant de domaines très variés ont également paru hors collection: Le Raimeux, du photographe naturaliste Alain Saunier (1994), Traces, du photographe Jacques Bélat, ainsi que deux ouvrages coédités en 1997 avec l'Imprimerie du Franc-Montagnard: Les Franches-Montagnes, pays du cheval, à l'occasion du centenaire du Marché-Concours de Saignelégier; Les saisons de la terre jurassienne, de Georges Wenger, le talentueux chef de cuisine du Noirmont.

L'activité éditoriale se développe et s'intensifie sous la houlette de Claude Rebetez, responsable des Actes et des Editions. Parallèlement à la publication de nombreux ouvrages, trois axes sont privilégiés: le soutien aux jeunes créateurs (avec la collection Plume d’ange), le dialogue entre Beaux-Arts et littérature (collection Le Champ des signes), le rapprochement interjurassien.

En 2006, Michel Hänggi assure la transition des Editions et c'est pendant cette période que paraît le deuxième volet du glossaire de patois, le Dictionnaire français-patois de Jean-Marie Moine, un ouvrage de Frédy Dubois, La Neuveville, 1797-1815 (collection L'oeil et la mémoire), ainsi qu'un ouvrage de géologie et de paléontologie en partenariat avec le Centre jurassien du Patrimoine de Franche-Comté : Jurassique, Jura... Métamorphoses d'un paysage.

2007 est marquée par une rupture nette et la mise en place, sous l'impulsion du Secrétaire général, d'une nouvelle et jeune Commission des Editions composée de Mathieu Cortat, François Friche, Vincent Robert-Nicoud et Gauthier Corbat.

Pour une liste complète des publications de la SJE, vous pouvez consulter le catalogue sur le site de la SJE.