Notice de François Genoud, tirée du DHS : Le 30 décembre 1833, à l'instigation du Lucernois Eduard Pfyffer et du Saint-Gallois Gallus Jakob Baumgartner, le gouvernement lucernois, libéral, convoquait à Baden une conférence devant régler les rapports entre Eglise et Etat ; y seraient présents les députés des cantons faisant partie des diocèses de Bâle, Saint-Gall et Coire. Des délégués des cantons de Berne, Lucerne, Saint-Gall, Soleure, Bâle-Campagne, Argovie et Thurgovie se réunirent dans la ville thermale du 20 au 27 janvier 1834; Zurich, Zoug et les Grisons n'envoyèrent aucune représentation. La conférence déboucha tout d'abord sur la demande faite au Saint-Siège d'élever le diocèse de Bâle au rang d'archidiocèse; en cas de refus, les signataires se réservaient le droit de rattacher les diocèses suisses à un archidiocèse étranger. Les quatorze autres résolutions constituaient les articles de Baden proprement dits, qui proposaient une plus grande indépendance des évêques par rapport au pape, un droit de regard, voire de contrôle, de l'Etat sur les affaires de l'Eglise ainsi que sur les séminaires et les ordres religieux, l'imposition des couvents, la garantie des mariages mixtes et la limitation des fêtes chômées. Etablis sous l'influence du clergé libéral et jugés par le radicalisme naissant comme un moyen de lutter contre le "despotisme de l'Eglise", les articles de Baden furent condamnés par l'encyclique du 17 mai 1835. Ils ne furent adoptés que par les cantons libéraux (Lucerne, Saint-Gall, Thurgovie, Argovie, Bâle-Campagne et Zurich), alors que Soleure les repoussait et que Berne reportait sa décision. Ils suscitèrent de très violentes critiques, surtout dans le camp catholique, et provoquèrent même la création d'associations qui exploitèrent le thème de la religion en danger. Le gouvernement argovien recourut aux armes, en 1835, dans les districts de Muri et de Bremgarten. Berne agit de même contre le Jura en 1836, ce qui facilita l'ingérence des puissances étrangères. Les articles de Baden marquèrent, sous la Régénération , le début de la confessionnalisation des luttes politiques qui allaient conduire à la guerre du Sonderbund .
Dans le Jura catholique, les Articles de Baden vont engendrer une crispation politique grave. Dès le mois d'avril 1835, une opposition résolue se manifeste dans les districts de Porrentruy, Delémont, Franches-Montagnes et Moutier. Elle est soutenue par le clergé et appuyée par l'aile modérée des libéraux (conduite par le conseiller d'Etat François-Joseph Vautrey et disposant d'un organe de presse, L'Ami de la Justice, rédigé par le vicaire Jacques Spahr de Porrentruy). L'adoption par le Parlement des articles de Baden dans sa séance du 20 février 1836, contre l'avis du Conseil-exécutif, provoque un vif mouvement de protestation populaire. L'Ami de la Justice dénonce le schisme imposé aux catholiques ; des « arbres de religion » se dressent devant les églises ; des slogans hostiles aux autorités et à l'Etat de Berne sont proférés et affichés. Craignant une insurrection, le Grand Conseil décide, le 8 mars 1836, l'occupation militaire du pays. Trois préfets sont révoqués ; le curé de Porrentruy et ses vicaires sont mis sous mandat d'arrestation et les scellées sont apposés sur l'imprimerie catholique. Les chefs de l'opposition catholique s'adressent alors à l'ambassadeur de France qui envoie, le 30 juin, un ultimatum aux autorités bernoise. Celles-ci sont sommées de retirées les dispositions arrêtées à l'encontre des districts jurassiens dans les quarante-huit heures, sous menace d'invasion militaire. Le 2 juillet, le Grand conseil bernois accepte de remettre l'application de son décret du 20 février à la suite de pourparlers avec le St-Siège. Ces derniers n'auront en fait jamais lieu et les Articles de Baden resteront lettre morte.