Originaire de Coeuve. Né le 16 mars 1952 à Porrentruy. Fils de Martin Choffat, agriculteur, et de Suzanne née Henzelin, agricultrice et ménagère. Epouse Colombe Noirjean, éducatrice. Trois enfants. Catholique.
C. obtient un brevet d'instituteur après des études à l'Ecole normale de Porrentruy (1968-1972). De 1972 à 1988, il travaille comme instituteur à Buix ; de 1988 à 2003, il dirige le Foyer Les Fontenattes (Boncourt) et, dès octobre 2003, la Fondation Les Castors. En 1970, C. adhère au Parti démocrate-chrétien PDC, et, durant quelques années et jusqu'en 1990, il sera le président et le secrétaire de la section locale de Buix. De 1976 à 1984, il est secrétaire communal de Buix. En janvier 1979, il est élu député suppléant au Parlement jurassien mais le quitte en septembre de la même année. Il est néanmoins réélu, cette fois comme député, en octobre 2006. Très engagé dans la fusion des communes de la basse Allaine, il devient maire de Buix (2007-2008) suite à la démission du titulaire, puis maire de la nouvelle commune de Basse-Allaine (2009-2017), issue de la fusion de Buix, Courtemaîche et Montignez. En 2013, il devient président du Syndicat Intercommunal du District de Porrentruy (SIDP).
Militant séparatiste, C. est membre du Groupe Bélier, responsable de la section de Coeuve et Damphreux-Lugnez.
Président des assemblées paroissiales. Membre de la société Les Amis de la Vigne de Buix (pour la défense des produits du terroir), des Patoisants d'Ajoie et du Doubs et de la Fanfare communale.

Membre du Conseil de la santé publique du Jura. Patoisant (l'Ugène).