La Haute Ecole Pédagogique - BEJUNE (Berne partie francophone, Jura et Neuchâtel) est fondée le 1er août 2001. Elle déploie ses activités à Bienne, Porrentruy (sur les sites des anciennes Ecoles normales), La Chaux-de-Fonds et Neuchâtel. Elle est divisée en cinq plates-formes : PF1 : pour la formation des enseignants du domaine préscolaire et primaire ; les lieux de formation sont Bienne, Porrentruy ou La Chaux-de-Fonds ; PF2 : pour la formation des enseignants du secondaire 1 et 2 ; la formation se passe sur deux sites, à l'Université de Neuchâtel pour les cours de 1ère année et à La Chaux-de-Fonds pour les cours de seconde année ; PF3 : pour la formation continue de l'ensemble du personnel enseignant de l'espace BEJUNE ; formation à Bienne avec des cours décentralisés ; PF4 : ressources documentaires et multimédia ; à Porrentruy ; PF5 : recherche ; à Bienne. Dès 2005, la HEP-BEJUNE change ses structures administratives. Alors qu'il y avait jusque-là un directeur pour chaque site ainsi qu'un directeur pour chaque plate-forme, dès 2005, il y a quatre doyens (un pour chacune des trois premières plates-formes, un pour les deux dernières) et un directeur de l'administration et des finances, alors qu'un recteur dirige le tout (en l'occurrence Maurice Tardiff jusqu'en 2008, puis Jean-Pierre Faivre).