Le 24 novembre 1949, l'assemblée communale de Porrentruy décide d'acheter la collection de gravures et de livres de Gustave Amweg. C'est par cette importante acquisition que le Musée de Porrentruy est effectivement créé, bien qu'une « société du Musée de Porrentruy » existe déjà sous la forme d'une association corporative depuis le 24 septembre 1945. C'est dans les années soixante que le musée déménage ses collections de la villa Merguin à l'Hôtel-Dieu, désaffecté en 1956. Par la suite, d'autres collections viennent enrichir le fonds initial, notamment celle des objets cultuels de la synagogue de Porrentruy et de nombreuses personnalités jurassiennes : - Eugène Folletête - Jean Gressot - Albert Perronne (négatifs) - Alfred Frossard (affiches anciennes et presse lithographique) - Pierre Nicolet (négatifs) - Pierre-Olivier Walzer (volumes édités par les Portes de France). Depuis 1979 et la création du canton du Jura, ce dernier subventionne les activités du musée. En 1989 est constituée la Fondation du Musée de l'Hôtel-Dieu, regroupant la Municipalité de Porrentruy, la Commune ecclésiastique catholique-romaine de Porrentruy, la Commune bourgeoise de Porrentruy et la République et Canton du Jura. En 1998, un Musée complètement réaménagé et dans des bâtiments restaurés ouvrent ses portes au public. On y trouve notamment le trésor de l'Eglise St-Pierre, la pharmacie du 19e siècle de l'ancien hôpital, une collection de montres, un atelier de perçage de pierres fines et différentes estampes de l'Evêché de Bâle. Différentes expositions temporaires y sont aussi organisées. Le bâtiment du Musée représente l'un des plus beaux hôpitaux de style baroque tardif de Suisse. Suite à l'incendie du premier hôpital de Porrentruy, construit en 1406 à proximité de la Beuchire, la Bourgeoisie confie à l'architecte bisontin Pierre-François Paris la construction d'un nouvel hôpital : l'Hôtel-Dieu. Les travaux débutent en 1760 et s'achèvent en 1765. Le prince-évêque Simon Nicolas de Monjoie inaugure le bâtiment ; ses armoiries sont sculptées sur la grille du premier étage. Une grille en fer forgé, oeuvre de Jean-Georges Fromknecht, s'ouvre sur la cour d'honneur. Il restera un hôpital jusqu'en 1956