Située sur l'ancien site du domaine agricole de Bellelay (à côté de l'ancienne abbaye et au milieu d'un site naturelle marécageux), la Fondation Bellelay, institution d'utilité publique, naît le 9 septembre 1998. L'Acte de fondation de ce centre touristique interjurassien est signé par 58 communes, diverses associations, syndicats et sociétés ainsi qu'un trentaine de personnes privées. Par la suite, 30 autres communes de la région rejoignent les fondateurs. Les cantons de Berne et du Jura assurent également un soutien financier à la fondation dont les buts sont la promotion de l'élevage du cheval des Franches-Montagnes, l'exploitation du domaine agricole de Bellelay, l'entretien et la mise en valeur du site marécageux de Bellelay, la promotion touristique du site de Bellelay et la promotion de la vente des produits du terroir. Les travaux d'aménagement commencent en mai 2000 et l'inauguration officielle a lieu le 21 juin 2001. La Fondation Bellelay comprend alors le centre de compétence en faveur du cheval des Franches-Montagnes, un musée agricole (dans la grange de l'ancienne ferme), une fromagerie artisanale reconstituée selon les plans du 18e siècle et un sentier nature aménagé. Son directeur est Claude-Alain Voiblet qui en est aussi l'un des principal instigateur. Dès le mois de novembre 2001 cependant, la Fondation entre en crise : le crédit de construction est dépassé et des problèmes dans la conception des bâtiments, tels que des courants d'air dans les écuries et des conduites d'eau qui ne résistent pas au froid, empêchent le centre de promotion de l'élevage chevalin de bien fonctionner. Au printemps 2002, la Fondation semble néanmoins aborder sa deuxième saison avec sérénité, présentant des comptes 2001 bénéficiaires de 5000.- environ sur un budget total de 1 141 230.- En décembre 2002, le président du conseil de fondation, Ulrich Röthlisberger, passe le témoin à François Vorpe alors que trois autres membres démissionnent. L'année 2003 commence mal puisque le 11 janvier, un incendie intentionnel (déclenché par un malade de la clinique psychiatrique) provoque d'importants dégâts qui vont à nouveau remettre en question l'avenir de la Fondation d'autant plus que deux mois plus tard, François Vorpe annonce que la situation financière de la Fondation est bien plus critique que ce qui avait été annoncé l'année précédente. Il reproche notamment à la Fondation d'avoir jusqu'ici vécu en dessus de ses moyens. A la fin du mois, Claude-Alain Voiblet annonce sa démission, suivie trois jours plus tard de celle de François Vorpe. Le canton demande alors un audit sur les comptes 2001 et 2002 confié à une fiduciaire indépendante. Pierre Paupe est nommé président ad interim du conseil de fondation. Toni Lutz lui succède dès le 17 février 2004. Les résultats de l'audit sont dévoilés à la fin du mois de juin. Il s'avère alors que les problèmes financiers de la Fondation sont dus surtout à un dépassement de deux millions du budget prévu pour la construction qui ont été financé par un prêt LIM et un prêt de la Banque cantonale du Jura. A la fin août, Jean-Marie Guerdat est nommé comme successeur de Claude-Alain Voiblet. Il entre en fonction le 1er octobre 2003. Pendant toute l'année 2004, la Fondation va tenter de trouver les liquidités nécessaires à son fonctionnement mais en vain ; la faillite est prononcée en décembre 2004. En juin 2006, la Commission de haute surveillance du Grand Conseil commande une expertise neutre et externe à un professeur de l'Université de Zurich, Georg Müller, pour décortiquer le dossier Bellelay depuis 1999. Le rapport est rendu public en mars 2007 et attaque principalement le Conseil-exécutif à qui l'on reproche d'avoir manqué à son devoir de surveillance et outrepassé ses compétences. En outre, on accuse le projet d'avoir été complètement irréaliste ou qu'en tout cas on a sous-estimé les moyens financiers. La Fondation était en déficit de financement dès le commencement notamment en raison de travaux supplémentaires qui ont dû être effectués et n'ont jamais été pris en compte par les autorités cantonales. Entre-temps, l'Association des Maires et Présidents de Bourgeoisies du District de Moutier appuyée par des personnes de la région décide de constituer un projet pour sauver ce patrimoine régional. En décembre 2004, cette association, emmenée par Paolo Annoni et Gabriel Juillerat, remet un projet au canton de Berne. Le 2 mars, le Conseil-exécutif annonce qu'il accepte ce projet qui consiste à faire valoir son droit d'emption, c'est-à-dire racheter le domaine pour 1 franc, puis revendre la ferme de la Grosse Fin à l'agriculteur Pierre Koller, actuel locataire (pour 1,3 mio), le Centre équestre à Gérard Lachat, actuel propriétaire du manège de Bienne (pour 1,3 mio) et le Bâtiment historique à la société Promotion Bellelay SA (pour un franc symbolique). Opération blanche pour le canton de Berne puisque les quelques 2,6 millions de ces ventes servent à payer les dettes de la Fondation. En mai 2006, Promotion Bellelay SA est alors mis en place. Le bâtiment historique, nommé désormais L'Auberge, abrite le musée, des salles pour des séminaires, des dortoirs et des chambres individuelles. Les activités liés au cheval sont gérées par Gérard Lachat, en tant que propriétaire du Centre équestre. Un contrat passé entre Promotion Bellelay SA et l'Interprofession de la tête-de-moine permet de continuer à faire connaître le lieu d'origine de ce produit et de faire visiter l'ancienne fromagerie.