L'Hôpital du Jura (H-JU) est né le 1er décembre 2003 de la fusion des hôpitaux de Delémont, Porrentruy et Saignelégier ainsi que de la Résidence La Promenade, à Delémont. Ces quatre sites sont toujours en activité et totalisent près de 600 lits et 1600 collaboratrices et collaborateurs. La répartition des activités médicales sur ces sites est définie par le Plan hospitalier du 26 juin 2002. Cette répartition répond à une logique de complémentarité et non d'équivalence, c'est-à-dire qu'on tend à une spécialisation des sites.

Chronologie 14.12.1990 : Adoption de la Loi sanitaire 22.6.1994 : Adoption de la loi sur les hôpitaux qui institue le "Centre de gestion hospitalière" (CGH). Chaque hôpital conserve son identité et sa direction propres mais une partie de la gestion est centralisée. 26.6.2002 : Adoption du nouveau plan hospitalier 28.8.2002 : Adoption de la modification de la Loi sur les hôpitaux : le CGH devient l'Hôpital du Jura (H-JU) et les quatre sites sont placés sous l'autorité d'une même direction. 1.12.2003 naissance de l'Hôpital du Jura 23.11.2005 : Adoption de la modification du plan hospitalier qui prévoit notamment le regroupement du secteur mère-enfant sur le site de Delémont et celui de l'orthopédie et de la rééducation sur le site de Porrentruy.

Directeurs
2002-2011 Laurent Christe
2011-2012 Daniel Rüegg
2012 Jean-Paul Moll (ad interim)
2013- Kristian Schneider

Présidents du conseil d'administration
jusqu'au 31.12.1998 Jean-Louis Lang, Porrentruy
1.1.1999-31.5.1999 Jacques Couche, Bassercourt a.i.
du 12.7.1999-31.08.2003 Jean-Baptiste Beuret, Delémont
1.9.2003-31.8.2013 Marc Chappuis, Courroux
1.9.2013-30.4.2016 Pauline de Vos Bolay
1.5.2016- Philippe Receveur