L’Assemblée interjurassienne (AIJ) est créée dans le contexte de la Question jurassienne par l’Accord du 25 mars 1994 signé par le Conseil fédéral, le Conseil-exécutif du canton de Berne et le Gouvernement de la République et Canton du Jura. Selon cet accord, l’AIJ a pour mandat de promouvoir le dialogue entre les Jurassiens des deux côtés de la frontière sur l’avenir de la communauté jurassienne, de proposer une collaboration renforcée entre le canton du Jura et le Jura bernois et de proposer les instruments de cette collaboration. L’AIJ tient sa séance constitutive le 11 novembre 1994 à Moutier, présidée par M. René Felber, ancien Conseiller fédéral. Dans l'histoire des institutions helvétiques, l'AIJ constitue un cas unique.

L’AIJ est composé de 24 membres répartis paritairement en deux délégations : une Délégation bernoise et une Délégation jurassienne. Chaque gouvernement nomme sa délégation selon des règles quelque peu différentes. Les membres de la Délégation bernoise à l’AIJ sont en principe des députés au Grand Conseil bernois. Un député peut toutefois se faire remplacer par une personne affiliée à son parti. Le Gouvernement jurassien nomme au sein de la Délégation jurassienne des personnalités avec tendance politique.
Chaque délégation a un président qui occupe également la fonction de co-président de l’AIJ.
L’Accord du 25 mars 1994 prévoit que, « dans une phase initiale », le Conseil fédéral nomme un président avec l’agrément des deux gouvernements. Les présidents successifs de l’AIJ sont : René Felber (1994-1997), Jean-François Leuba, ancien Président du Conseil national et ancien Conseiller d’Etat vaudois (1997-2003), Serge Sierro, ancien Conseiller d’Etat valaisan (2003-2010) et Dick Marty, conseiller aux Etats tessinois (2011-).

Le siège de l’AIJ est à Moutier. Ses organes sont : l’Assemblée plénière (24 membres et un président neutre), le Bureau (composé par le président, les deux co-présidents et deux assesseurs) et six commissions permanentes (Institutions, Instruction publique et formation professionnelle, Economie, Santé et prévoyance sociale, Transport, communication et aménagement du territoire, Culture). L’AIJ bénéficie du soutien administratif d’un secrétariat général sous la responsabilité d’un secrétaire général : Jean-Jacques Schumacher (1995-2004), Michel de Perrot (2004) et Emanuel Gogniat (depuis 2005).

L’AIJ n’a qu’un pouvoir de proposition qu’elle adresse aux deux gouvernements cantonaux par le biais de Résolutions. L’AIJ donne ainsi des impulsions en matière de collaboration interjurassienne qui parfois aboutissent à la concrétisation d’institutions communes : la Fondation rurale interjurassienne (Loveresse-Courtemelon), la pharmacie interjurassienne (Moutier) et l’Unité d’hospitalisation psychiatrique pour adolescents (Moutier) sont quelques-unes de ces réalisations interjurassiennes initiées par l’AIJ. C'est également à l'initiative de l'AIJ que l'on doit notamment la parution d'une publication commune aux cantons du Jura et de Berne, centrée autour de la Transjurane (autoroute A16 en construction), le Bulletin interjurassien d'informations A16, dont le premier numéro a paru en septembre 1997 (tous les n° sont disponibles sous www.a16.ch/a16/bulletinA16/sommaire.htm).

Dans le cadre de sa mission centrale, soit la résolution de la Question jurassienne, l'AIJ est chargée d'importants dossiers. Le 7 septembre 2005, le Conseil-exécutif du canton de Berne et le Gouvernement de la République et Canton du Jura donnent à l'Assemblée interjurassienne, sous les auspices du Conseil fédéral, le mandat conditionnel de conduire une étude sur l'avenir institutionnel de la région interjurassienne. Ce mandat, confirmé en avril 2006, se décline en trois volets : l’étude d’une nouvelle entité des six districts de type cantonal, les effets du partenariat direct issu des institutions communes interjurassiennes et du statut particulier du Jura bernois (LStP) et d’autres pistes dont elle estime l’examen utile. Le 4 mai 2009, l’AIJ rend son rapport final, proposant une réponse démocratique à la Question jurassienne par un débat et un vote populaire. En même temps, elle édite une Charte interjurassienne dans le but de de promouvoir un esprit de tolérance et de respect dans ce débat. Le rapport final qui conduira à la signature de la déclaration d'intention (proposition de votations) entre le Gouvernement de la République et Canton du Jura et le Conseil-exécutif du canton de Berne (20.2.2012). Le 23 août 2012, l'AIJ se déclare favorable aux propositions émises par ces gouvernements, qui aboutissent au scrutin du 24 novembre 2013.
Le processus des votations ainsi achevé, l'AIJ s'occupe dès 2014 de sa propre dissolution et du projet de dresser un bilan de plus de 20 ans d’activité. Parallèlement, elle poursuit son rôle de garante et de promotrice du dialogue interjurassien autour des votations sur le futur institutionnel du Jura bernois (dont celui de Moutier en Juin 2017) et d'autres dossiers et projets de portée intercantonale. En mars 2016, elle constitue une commission de publication pour la rédaction du rapport final de son mandat en vue de la dissolution prévue en 2017.
Le 26 octobre 2017, la Fondation CH décerne à l'AIJ le Prix du fédéralisme 2017 lors de la 5e Conférence nationale sur le fédéralisme à Montreux. Selon la Fondation CH, l'AIJ mérite cette distinction pour avoir « œuvré pendant près d’un quart de siècle à la pacification de la Question jurassienne en facilitant le rapprochement des populations et la compréhension entre celles-ci », illustrant ainsi «la capacité du fédéralisme suisse à résoudre les problèmes institutionnels par le dialogue ».
L'AIJ se dissout le 10 novembre 2017.

Prix interjurassien (réd. DIJU)
L’idée du Prix de l'Assemblée interjurassienne pour travaux scientifiques, historiques ou autres réalisations d'envergure est lancée en 1998. Les cantons de Berne et du Jura ayant répondu favorablement à cette proposition, ils ont accepté de prendre en charge, à parts égales, la somme de CHF 10 000.-- de récompense octroyée au lauréat.
Le Prix interjurassien est en principe décerné tous les ans, pour autant qu'il puisse être attribué à un candidat de qualité. C'est l'AIJ qui ratifie son attribution sur proposition du jury, composé de la commission "Culture" et de quatre experts désignés par les cantons.

Lauréats :
2001 Franz Rickenbach, cinéaste, Monible, pour ses films « Une synagogue à la campagne » et « Royalement vôtre ».
2002 Bernard Lachat, biologiste, Vicques, pour ses travaux en matière de génie végétal en écologie appliquée (berges de cours d'eau).
2003 Fondation Tour de Moron, Malleray, pour la conception et la construction de la Tour du même nom.
2004 Claude Hauser, historien, Fribourg, pour ses ouvrages et articles sur l'histoire du Jura contemporain.
2005 Facundo Agudin, musicien, chef d'orchestre et de choeurs, pour ses créations de projets musicaux.
2006 Revue d'art Trou. Conçue à Moutier et imprimée à Crémines.
2007 Le Prix interjurassien n'a pas été attribué.
2008 Société jurassienne d’Emulation (SJE)
2009 Denis Moine, instituteur, journaliste et auteur de chroniques historiques
2010 Association « Symphonie du bois »
2011 Dictionnaire du Jura, www.diju.ch
2012 Eric Grossenbacher, botaniste, pour son travail au service de la botanique jurassienne
2013 La Traction, pour l'engagement de bénévoles passionnés qui font (re)vivre depuis 20 ans des trains historiques à vapeur et électriques.
2014 Le Musée jurassien des arts à Moutier
2015 Association interjurassienne des Centres culturels
2016 Jean-Claude Gerber, pour l’ensemble de son oeuvre, en particulier son ouvrage intitulé Papillons du Jura