En 1942, une école de musique est créée dans le cadre de l'école secondaire de Saint-Imier, animée par le directeur du Corps de musique, Paolo Fasolis. Sa mort, en 1946, entraîne la fermeture de l'école.

En 1974, son fils, Silvano Fasolis fonde une nouvelle école de musique qui devient quelques années plus tard l'Ecole de musique du Jura bernois (EMJB, 1981). Silvano Fasolis en reste à la tête jusqu'en février 2001, date à laquelle il est remplacé par Philippe Krüttli. Le bâtiment-siège, rénové durant l'été, est inauguré le 22 septembre 2001.

De nombreux projets pédagogiques voient alors le jour, dans différents domaines : musiques d’ensemble (orchestre, big band), stages d’improvisation, master classes, spectacles. De nouvelles formes d’enseignement se développent. Les années 2000 voient aussi le développement des musiques actuelles s’intensifier. De nombreux jeunes professeurs, tous actifs sur la scène nationale, voire internationale, sont engagés dans les domaines pop, rock et jazz.

En 2014, l'école fête son quarantième anniversaire par la mise sur pied d'un spectacle avant-gardiste de grande ampleur, attestant de la part toujours plus grandissante prise par les musiques modernes dans le paysage pédagogique de l'EMJB au cours des deux dernières décennies.

Si le siège de l'EMJB est à Saint-Imier, des cours sont donnés dans une trentaine de communes du Jura bernois. En 2007, l'école compte plus de mille élèves alors qu'elle emploie une soixantaine de professeurs.