Dès le 1^er janvier 2008, la Fondation interjurassienne pour la statistique (FISTAT), fondation de droit privé, succède à la Fondation régionale pour la statistique (FRS), fondation d'utilité publique sans but lucratif fondée en 1993 à l'initiative de Jean-Claude Crevoisier pour l'ADIJ, et de Jean-Jacques Schumacher pour la Chambre d'économie publique du Jura bernois. C'est en 2007 que les cantons de Berne et du Jura ont uni leurs efforts pour se doter d'outils statistiques communs en signant dans ce but une convention de prestations avec la FRS. Toutefois, c'est l'Assemblée interjurassienne (AIJ) qui avait la première émise l'idée d'une telle institution dans sa résolution n° 13, « Fondation régionale pour la statistique », du 12 juin 1996. Le projet figure ensuite dans la Liste d'institutions communes envisageables, liste indicative que les deux gouvernements ont remise à l'AIJ le 16 août 1999.
La FISTAT, dirigée par Jean-Paul Bovée, a son siège et un bureau à Moutier (comme la FRS avant elle), mais le travail est accompli dans des locaux du Service de l'information et de la communication (SIC) que l'administration jurassienne met à sa disposition à Delémont. Le financement est assuré par le Jura et Berne à auteur respectivement de 75'000 et 45'000 francs par année.

La principale tâche de l'entreprise commune consiste en la réalisation de statistiques publiques dans une perspective interjurassienne, même si ses résultats demeurent consultables en trois volets distincts : lots de données interjurassiennes, propres au canton du Jura ou au Jura bernois. Sur mandat, la fondation réalise aussi des enquêtes et sondages afin de produire des données spécifiques et des analyses dans les domaines socio-économiques.

Côté jurassien, la FISTAT a pour objectif de fournir des prestations assumées jusqu'alors par le Bureau jurassien de la statistique. Côté bernois, l'institution met à la disposition du Conseil du Jura bernois (CJB) les données dont ce parlement régional a besoin pour exercer ses compétences. Pour le Jura bernois, cet outil vise à renforcer son ancrage en Suisse occidentale, où les médias renoncent souvent à faire figurer la région dans les études relatives à l'ensemble de la Suisse romande faute de données précises.

A partir de 2009, la fondation assure l'édition d'un mémento statistique conjoint Jura et Jura bernois intitulé Mémento statistique interjurassien. Auparavant, la FRS, qui exerçait déjà son activité dans le canton du Jura et le Jura bernois, éditait notamment l'Annuaire statistique pour le Jura et le Jura bernois ainsi que le Mémento chiffres-clés pour le Jura bernois.

Suite au scrutin relatif à l’avenir institutionnel du Jura bernois du 24 novembre 2013 les deux cantons impliqués dans la FISTAT décident de mettre un terme à cette institution. Du côté de la République et canton du Jura, le Gouvernement annonce en 2015 que le service statistique sera sous-traité par le Service neuchâtelois de statistique. Après les délibérations du CJB et du Conseil des affaires francophones du district de Bienne (CAF), le Conseil-exécutif bernois annonce pour sa part en octobre 2016 que les données statistiques spécifiques au Jura bernois seront dorénavant prélevées par le service cantonal bernois et qu'un choix de statistiques sera publié sur les sites du CJB et du CAF.
Opératives dès le 1er janvier 2017, ces nouvelles coopérations marquent la fin définitive du mandat confié à la FISTAT. Après sa fermeture, les archives de la FISTAT sont confiées au Centre jurassien d’archives et de recherches économiques CEJARE.